亞特蘭提斯漂流在太空中，並且即將撞上小行星帶，好消息是只有兩分鐘，壞消息是整個亞特蘭提斯可能會完全毀掉，所以謝帕德及擁有古人基因團隊飛向太空檔在前面先將小行星炸燬，關鍵時刻終於度過危機。
另一方面由於能量大量流失，為增加存活時間，所以整個亞特蘭提斯縮減到只剩下尖塔自己有防護罩，另一方面他們開始進行維修，由於損壞的部分算是亞特蘭提斯的能量主幹，根本不能繞過，謝帕德只能硬者頭皮澤蘭卡進行維修。
能量繼續流失，雖然最後終於修復了，但是ZPM流失的能量已經無法再讓亞特蘭提斯繼續任何的飛行，距離他們預計躲藏的星球也還有很長的距離，必須要有更好的方法，否則他們注定繼續困在這裡，等待死亡。
4X02：於是他們腦袋動到複製者頭上，他們想去複製者的星球直接偷零點模組。
當然要請威爾博士隨行，因為她可能在某些時候派上用場。
後來麥凱修改小艇，讓他可以進行超空間旅行，當然也順利到達了複製者的星球，詭異的是，威爾博士似乎馬上可以登入這個星球進行檢索，後來威爾博士發現一個地方擁有零點模組，但是卻幾乎沒什麼士兵。
於 是他們就入侵這邊進行偷竊，一切都非常順利，也沒被抓到，可是這時候麥凱突然在複製者的資料庫裡面的基礎代碼找到一段編碼，這段編碼的意思大概是不要攻擊 幽靈族，看起來應該是幽靈族的成果，於是麥凱突發奇想，如果可以解除這段代碼，複製者應該可以對幽靈族發動全的進攻，這樣看起來對人類似乎百利無一害。
於是他們繼續侵入資料核心，可是這時候複製者發現了，雖然 擁有反複製者武器，但是幾次就會被適應了，這時候威爾博士決定犧牲自己與複製者進行對抗，利用時間差爭取時間讓謝帕德逃走。
在阿波羅號這邊，亞特蘭提斯並未如預期出現在指定地點，可是超空間旅行距離如此長，實在不知道他們在那邊，這時候，卡特上校參與本次研究，開始展開搜尋亞特蘭提斯。
後 來威俺博士還是被複製者抓走了，不過麥凱成功修改這段代碼，複製者現在可以直接攻擊幽靈族了，另一方面，在逃走瞬間，原本檔不住複製者攻擊，謝帕德快被打 下來，這時候阿波羅號及時出現，有驚無險，並且取得新的零點模組，亞特蘭提斯順利抵達目的地星球，不過威爾博士仍舊下落不明。
4X03：若楠和泰勒到達一個星球，因為他們得到一個情報說有幾個人到處吹噓打敗幽靈的事蹟，後來他們發現這三個人是若楠的同伴，他們自稱在幽靈攻擊他們的母星聖提達的時候逃出來，後來就不斷游擊攻擊幽靈。
另一方面，卡特被IOA選定成為亞特蘭提斯的新領導人，他一來就要面對若楠可能會離開，於是，卡特批准了一次行動，讓謝帕德等人與奧亞、瑞卡等一同進攻幽靈的科學實驗室。
攻擊的過程不併順利，因為奧亞、瑞卡根本不是逃出來的，他們根本是幽靈不斷讓他們變老然後變年輕，不斷讓他們痛苦，讓他們成為幽靈的走狗。
後來，泰勒、謝帕德、麥凱全都被抓，只有若楠逃回亞特蘭提斯，幽靈要抓麥凱的原因是因為麥凱解開了複製者的攻擊代碼，所以導致複製者與幽靈開始彼此攻擊，這對幽靈當然是一件壞消息，所以希望麥凱再度成功讓這個功能啟用。
亞特蘭提斯由卡特率領援軍進攻，最後成功救了其他成員，若楠也看清他們真面目，同時他也決定還是好好留在亞特蘭提斯比較正確。
4X04：SGA謝帕德小隊搜尋一個星球，這個星球古人完全沒做任何記錄，於是他們嘗試自己探索，沒想到意外碰到一個掛在樹上的生物，這個生物會發亮，並且會寄生在人的身上，於是這個怪物就不斷讓亞特蘭提斯的成員做惡夢。
從謝帕德開始跳到泰勒，然後又跳到凱勒醫生、麥凱、若楠等人，連卡特都中了。
最後，他們成功讓這個生物回到他本來的星球，原來這個星球全都是這個植物，古人沒任何註記，可能就表示這個星球不是好惹的。
4X05：謝帕德在進行運補任務時竟然被來路不明的敵艦綁架了，他被一個旅行者的國家綁架了，這個國家全部的人民都居住在太空船上自給自足只有偶爾到某些星球補給，他們也是被幽靈追捕逃離的國家。
領導人士一個女生，萊芸，他們最近找到一艘古人的戰艦，因為部分零件故障，最後古人放棄這艘船，當然這群旅行者就撿起來，想改造變成自己的東西，於是他要求謝帕德幫忙協助開船。
謝帕德利用機會逃脫，不巧這時候遇到幽靈進攻，最後謝帕德和萊芸合作擊敗幽靈族，原本萊芸不肯放過謝帕德，覺得他還有很多利用價值，不過可能兩個人有一點戰友的心情，最後謝帕德被釋放了，他們心中彼此都告訴彼此，或許有一天還會再見面，真是不打不相識。
4X06：故事一開始從麥凱開始，麥凱醒來，什麼事情都不記得，只看到一段自己給自己的影片，片中說要他去找泰勒，並給了泰勒的照片，奇怪了，為什麼麥凱什麼都不記得。
後來他又遇到其他人，大家都忘記自己是誰，發生什麼事情了，於是他們就被亞特蘭提斯里的軍人抓走了。
後來，劇情開始回顧剛剛發生這件事情的時候，原來某一個星球的某種病菌會引發全部的人記憶喪失，不過泰勒、若楠他們從小就有吃對抗的解藥，所以完全沒事。
謝帕德跟若楠出發去找藥，最後謝帕德也忘記他自己是誰，所幸一切都還好，最後一刻大家吃瞭解藥全都回覆正常。
4X07： 泰勒和凱勒醫生一同到阿索遜人的母星，結果一個人都不剩，全部村民都消失了，泰勒有孕在身，可是孩子的老爸卻在這次失蹤人當中，於是泰勒找尋原因，同時他 們遇到阿索遜的敵人伯勒卡人，後來發現也不是伯勒卡人做的，最後，泰勒和凱勒醫生回到亞特蘭提斯，可是阿索遜人的下落仍然未知。
4X08：在某一個星球，有一群維地納人，首領是一個叫達維斯的老人，他擁有通靈能力，所以可以預知許多事情，泰勒極力推薦大家去拜訪這個星球，或許可以找到一些消息也不一定，於是SGA便前往這個星球探索。
老人達維斯果然有一套，預見幽靈即將來襲，也整救了全村村民，不過達維斯快死了，因為許多疾病，所以SGA便將達維斯帶回亞特蘭提斯做進一步檢查及治療。
達 維斯首先預測麥凱等人會遇到幽靈的陷阱，沒想到後來果然成真，事實上，謝帕德還想去看看故意中陷阱會怎麼樣，於是他們設計雙重埋伏，果然幽靈設計陷阱抓他 們，於是抓到了幽靈族泰德tadd（在3X07，泰德曾幫助謝帕德一同逃出吉耐人柯爾雅手中，原本約定好下次見面就是敵人，可是跟泰德的關係會持續到最後 一集）。
泰德跟他們說，複製者為消滅幽靈，先消滅幽靈族的食物，也就是人類，這樣子全部的幽靈族就會跟者死亡。
另一方 面，達維斯握住卡特的手，突然之間卡特看見未來，亞特蘭提斯城被攻擊毀滅，大家嚇到了，這真的會成真嗎？（會成真，以後真的會出現！），大家陷入恐慌，這 時候光頭伍希開始害怕了，這時候一艘幽靈戰艦往亞特蘭提斯城前進，原來泰德裝了皮下的子空間發射器，召喚他的幽靈戰艦來，為了要取信謝帕德，泰德說他不會 對亞特蘭提斯進攻，他只希望雙方能合作共同對抗複製者。
於是大家陷入兩難抉擇，萬一泰德根本是來搞破壞的，那第一時間一定要反擊，雙方一 定都會傷亡，另一方面，若相信泰德，那整個亞特蘭提斯完全沒有反擊能力（在SGA的設定之中，隱形跟防護罩只能二選一，明顯跟SG-1里面古人項位變換技 術不同，不知道為什麼後面反而不用這個技術了，也許是因為SG-1的這個技術實在太恐怖了，會讓古人跟幽靈的戰爭顯得很怪，因為古人應該不會輸得這麼難 看，所以這個設定就被編劇給寫掉了！）
最後，卡特願負起全部責任，於是繼續隱形，沒想到有又出現一艘幽靈蜂巢式戰艦，於是只能賭一睹了，後來兩艘幽靈蜂巢式戰艦互相攻擊都炸燬了，於是大家才相信泰德是可以信任的，SGA願意嘗試跟泰德合作，找尋方法可以讓人類跟幽靈兩全其美的解決方法，泰德繼續被關著。
4X09：麥凱繼續研究關於泰德帶來的複製者相關程式，雖然只有一半，可是就是卡住了，在無計可施的情況下，於是麥凱只好求助他的妹妹珍妮，沒想到隨後麥凱的妹妹珍妮就被綁架了。
麥凱和謝帕德、若楠等人急急忙忙回到地球去找尋線索，麥凱破解珍妮的電腦，追到某個地方沒想到麥凱也被抓了。
綁架他的人自稱叫亨利華萊士，他負責軍方許多科技技術，所以得知了星際之門這個東西，也知道美國這幾年科技突飛猛進的原因，於是亨利華萊士動了私念，希望麥凱和珍妮修改複製者的程式，將奈米細胞修正後，治療他的女兒莎倫。
後 來程式真的成功了，可是由於程式是死的，所以他先治療莎倫身上的二尖辮膜脫垂，強制停掉莎倫的心臟，治療好之後才治療腦部缺氧，最後莎倫變成喪失了語言能 力和記憶力，因為這個機器人還是有缺陷，他修復好身體的問題，可是卻不管其他的，所以她大腦是健康的，可是卻沒任何記憶。
最後，珍妮也被注射，在無計可施的情況下，只能求助泰德，泰德也超厲害，最後幫助麥凱再度修正程式，然後泰德肚子餓，亨利華萊士自願當作泰德的糧食，最後珍妮被拯救了。
4X10：一如往常的一天，麥凱在一次診斷測試中意外弄壞星際之門對外通訊，不管診斷怎麼運行都顯示正常，但是星際之門就是不通，另一方面從天而降了一個複製人的探測器，後來又爆炸了。
接著疑惑再度出現，謝帕德與若楠練習格鬥的時候眉毛受傷了，詭異的是，到凱勒醫生這邊看，竟然是好的，謝帕德開始懷疑自己是不是感染複製者的奈米細胞了。
後 來，麥凱發現整個基地只有四個活人，其他都不是活人，都是機械複製者，一卻真相大白，後來他們還找到威爾博士，共五個人，後來凱勒醫生告訴他們，他們是屬 於尼啞瑪派別的複製者，有別於當權派歐北瑞斯，他們繼續追求升天的可能性，而當權派歐北瑞斯早就已經流於憤怒與嫉妒中，所以歐北瑞斯決定要除掉他們。
最後偽造的亞特蘭提斯整個被毀滅前，複製者給威爾一個導航的裝置，用這個可以搜尋到整個飛馬座所有複製者的蹤跡，於是被複製的威爾等五人就開船逃走了。
後來他們再度聯絡上謝帕德，並將機器給謝帕德，不過複製者隨後追到，這些被製的五個人，只好犧牲自己，將複製者引開，自殺去了。
不過真正的亞特蘭提斯和謝帕德卻得到了這個導航裝置，經過麥凱設置，SGA已經可以掌握到整個飛馬星系的所有複製者的太空船了。
4X11：複製者持續進攻，新建立的戰艦阿波羅號正式服役，飛馬星系暫時有兩艘戰艦阿波羅號、代達羅斯號可以用來戰爭，加上麥凱有複製者的導航裝置，所以他們可以化被動為主動開始對複製者攻擊。
代達羅斯號及阿波羅號最近都改裝上ASGARD的能量武器，基本上只要是偷襲戰略，都可以輕鬆擊敗複製者，於是接下來一週，就看這兩艘戰艦不斷擊毀複製者的船。
另 一方面，麥凱和泰德繼續研究複製者的程式代碼，麥凱之前想出一個方法，就是改良複製者的分裂槍，可是複製者適應期越來越短，基本上已經對這種武器無懼了， 麥凱臨機一轉，如果將設置反轉，讓他可以直接創造出某一個物體，對其他複製者發出集合指令，這樣子，所有複製者就會黏成一個大的金屬組織。
可是這個計謀還需要考慮一個問題，那就是需要足夠火力掩護，於是商求幽靈族泰德回家鄉去尋求支持，另一方面4X05的萊芸也派兩艘戰艦，加上幽靈族七艘共11艘，一同突擊複製者的星球。
最後，戰爭獲得空前的勝利，複製者濃縮成一個巨大的金屬體，由於實在太重了，所以沈入地心中，麥凱引爆ZPM，讓整個星球全部引爆了。
泰德偷偷的蒐集一堆ZPM，劇中沒交代，之後會演。
威爾博士再度出現，冷眼旁觀複製人被毀滅，這個威爾博士，目前還是不太清楚來歷。
4X12：一艘幽靈戰艦不知什麼原因被棄置在太空中，於是謝帕德和他的小組勉強讓他的機器能夠動，他們發現飛船有一個預定的目的地，於是他們便前往這個地方做研究。
後來，他們發現不可思議的事情，原來這個地方是一個幽靈族女王的窩，女王在這邊生幽靈，供應整個帝國當士兵使用，可是一個女王怎麼可以到這樣的程度，後來他們發現關鍵在於ZPM。
原 來在一萬年前幽靈組與古人戰役中，一開始古人在科技與技術上佔上風，於是將幽靈族打的亂七八糟，不過由於古人太過於自信，過於深入敵人領地，於是整艘船被 捕獲，進一步的，裡面的ZPM被拿來使用，改造成複製人的機器，於是大量的幽靈族因為ZPM的關係被大量複製，在人數暫眾多，當時食物很多的狀態下，幽靈 族大舉反攻，整個逆轉了戰爭。
原來這艘幽靈戰艦是泰德的，謝帕德順便救了泰德，不過謝帕德卻被抓起來了。
這時候另外一艘幽靈戰艦抵達，並開始對泰德這艘進攻，泰勒因為懷孕的關係，感應能力超強，她反控制幽靈女王，讓謝帕德逃走，在危機時刻，最後他們用了一個方法，直接將泰德這艘船去撞這個幽靈族的基地，然後他們在開小船逃走。
泰德最後逃走了，整個幽靈族複製人基地被毀，幽靈族要大量複製應該不可能了。
4X13：麥凱改進了亞特蘭提斯基地關於病毒防疫的危險判定程式，結果機器出現故障，將大家都關起來，因為電腦認定大家都被感染了，需要隔離。
另一方面，亞特蘭提斯還會發出訊號，跟宇宙中大家說我壞了。
謝帕德嘗試打破窗戶到控制室，沒想到卻引發整個電腦程式判定感染已經擴散，十分鐘後將會自爆。
後來突破重重難關，甚至澤蘭卡博士爬過氣窗，終於到ZPM的動力核心，拔出ZPM，讓整個基地停電。
麥凱在這集原本要向他的植物學家女友求婚，可是因為這個事故，讓彼此瞭解到似乎不是很適合，最後，求婚不成，麥凱還失戀了。
4X14：謝帕德和麥凱到一個星球，這個星球的小公主即將繼承王位當上女王，不過當女王之前必須偷過一個測驗，到野外去過夜，並取回信物，於是謝帕德和麥凱就當起護花使者。
這時候，有野心的壞人，嘗試暗殺小公主，他們買通吉耐傭兵去殺人，於是他們三人陷入危機中，最後謝帕德終於瞭解到，所謂測驗，其實就是啟動古人的一個武器設備。
這裡應該是古人的導航飛彈試驗場，同樣必須要有古人基因才可以啟動，所以歷代王室繼承人都必須啟動這個機器才會被認同具有保衛這個國家的能力，總之，陰錯陽差之下，公主成功啟動機器，麥凱成為拯救公主的英雄，謝帕德則成為狗雄。
4X15：謝帕德的父親死掉了，若楠跟謝帕德一同回到地球，謝帕德跟家裡處的不好，事實上他家裡也不跟他聯絡很久了，另一方面，謝帕德離婚的妻子也在這邊碰面。
另一方面，一個女生艾娃找謝帕德講關於一個研究組織叫斯坦頓的事情，這個組織的負責人是李查德普爾博士，他在研究一個計畫叫原型，這個計畫主要研究奈米機械人，最後他們真的創造出一個複製人，而大約三週前，這個複製人逃走了。
李查德普爾博士非常不配合，不過SGC這邊的科學家找到一個波段的頻率，最後找到這個複製者，後來，他們終於找到並傳送到淺太空，將他毀掉，另一方面李查德普爾博士也死掉了。
更恐怖的是，後來他們發現艾娃根本也是複製者，後來他們只好給艾娃活在一個虛擬的電腦程式中，艾娃並不知道他活在程式中。
美國軍方每次都犯類似的錯，研究外星科技，卻總是不小心流出去，製造一堆麻煩。
4X16：卡特、凱勒和麥凱一同被困在一個古老的礦坑中，出不去，同時可能又會掉落入無盡的深淵中，後來經過千辛萬苦，終於逃出來。
麥凱和凱勒醫生激盪出火花，這是SGA編劇為麥凱設計的第二任女朋友。
4X17：若楠想正式加入SGA團隊中，可是還是必須要IOA同意，於是卡特請求提歐克到亞特蘭提斯城希望對若楠進行指導，若楠馬上就跟提歐克打了一架，雖然不分勝負，但是搞到最後，提歐克想回地球，若楠則是要回地球接受面談。
另一方面，泰德在亞特蘭提斯的時候曾偷偷竊取麥凱發明的不走ZPM直接撥回的方法，用星際之門串聯方式傳輸的技術資料，沒想到泰德的資料又被別人偷走，於是另一群幽靈族偷偷進攻中繼站，準備進攻地球。
最後，提歐克和若楠一同反擊，甚至回到地球，殺幽靈族殺的亂七八糟，看來IOA也不用什麼面試了，這次的表現，已經讓IOA大開眼界，若楠順利通過面試。
中繼站最後炸掉了，謝帕德等人在小艇中漂流多日，最後被代達羅斯號救起。
4X18： 半人半幽靈人麥可終於露出行蹤，艾索遜人被抓走也是麥可在做實驗，另一方面麥可在對人類放出哈芬病毒（1X05）這個哈芬病毒對人類會有50％死亡率，經 過貝克特醫生改良之後，也還有30％死亡機率，但是好處是，存活下來的人，幽靈族將無法吸食，一吸食，幽靈族立即會死亡。
於是謝帕德和他的小隊到處尋找線索，意外的，泰勒被麥可抓走了。
因為麥可需要泰勒的小孩，泰勒的小孩身上的基因可以用來改造人類成為半人半幽靈的狀態，只要幽靈一旦沒辦法吃東西，麥可就可以實現他的野心計畫。
泰勒的老公迦楠也被改造成半人半幽靈的生物，聽從麥可的指令。
謝帕德繼續尋找，沒找到泰勒，因為他們來早了，麥可後來逃走，但是在他的老巢卻發現貝克特醫生！
貝克特醫生應該早就死了，這邊的貝克特醫生是麥克使用複製技術克隆出來的人，不知道什麼技術，這個複製人完全有有貝克特的一切記憶，他已經幫助麥可兩年了，一直等待SGA來救援。
4X19：故事承接上集，貝克特醫生看起來百分之百是他本人，不過DNA騙不了人，他的DNA序列酶比一般人少很多，可能已經等同80歲的老人了，之前麥可有給他注射一種安定DNA的藥劑，也讓貝克特暫時仍可以活，可是這次真的不行了。
另一方面謝帕德繼續找尋相關線索，希望能找到泰勒，最後終於找到線索，就出全部艾索遜人，不過泰勒還是被麥可抓走，再度被麥可逃走。
貝克特醫生的狀態仍然無解，只能用古人的冬眠裝置，暫時將貝克特冰凍起來。
4X20：謝帕德在某次任務，穿過星際之門，結果竟然到達四萬八千年後的亞特蘭提斯城，因為麥凱關掉星際之門的安全協定，蟲洞穿越太陽黑子，所以謝帕德發生了意外的來到這邊，整個海洋早已不見，麥凱以全像投影的形式跟謝帕德對話。
麥凱述說之後的歷史，當然大家都不好過，一個比一個慘，原因是因為麥可取得的泰勒小孩的基因，透過基因改造，甚至最後麥可統治了整個飛馬座，一切都人事全非了。
IOA最後放棄的亞特蘭提斯這整個計劃，完全退出，於是麥凱計算要謝帕德再回到現在的時空，並且直接預言麥可會出現在那邊，這個任務一定要成功，後面的時間點才會再度扭轉。
後來經過努力，謝帕德終於回到這個時空，時間點過了12天，
到達之後，沒想到卻引爆了麥可設置的地雷，於是謝帕德、若楠被困在爆炸後的瓦礫堆中，看來危機還沒解除。
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