另一方面，麥可其實不過是幽靈族女王手下的一顆棋，事實上麥可因為曾經變成人，所以基本上幽靈族都討厭他，再加上麥可對這件事也是從頭到尾被蒙在鼓裡，所以麥可決定裡應外合聯絡上謝帕德一起破壞這兩艘幽靈族蜂巢式大戰艦。
威爾博士在亞特蘭提斯基地束手無策，只好回到地球接受國際組織的詢問，可是一時之間大家也束手無策不知道怎麼辦。
幽 靈族蜂巢式大戰艦天馬座邊緣的星系停下來休息，由於麥可的配合，謝帕德順利炸掉其中一艘的超光速推進器，另一方面，若楠和麥凱也逃出來了，他們當內應，另 一方面代達羅斯號這時候抵達，隨後獵戶號也抵達，不過獵戶號只成功發射一次古人炸彈，把一艘幽靈族蜂巢式大戰艦炸掉後，自己也毀掉了。
代達羅斯號跟敵人大混戰中，也受到極大損傷，最後勉強雙方熄火，可是代達羅斯號再也沒能力攻擊，甚至維生系統都掛掉，敵人的幽靈族蜂巢式大戰艦也無法反擊。
這 時候麥可在內部關掉的幽靈族防護罩，後來再從代達羅斯號傳送貝克特醫生的逆轉錄基因酶炸彈，隨後，一堆幽靈死掉，一堆幽靈則變回人類，完全無抵抗能力，因 為代達羅斯號這邊連氧氣都不夠，所以全面接管，並且維修兩艘船艦，最後不幸中的大幸，SGA成員死掉一些人，但是主角都活著，歷經一段時間的修復，終於全 體返航亞特蘭提斯，並且還多了一艘幽靈族蜂巢式大戰艦和兩百幽靈轉回的人類。
麥可在悲哀中一樣再度被關起來。
女王不受逆轉錄基因酶的影響。
3X02：全體成員返航後，繼續維修代達羅斯號和幽靈族蜂巢式大戰艦，幽靈族的技術是生物晶片和組織所組成的戰艦，基本上他是一個活的生命體，也只能接受擁有幽靈基因的人控制，正好泰勒就是這樣的人，所以開船很順利。
由於威爾博士仍然很想救這200個幽靈，所以他們將這些人放到某個無人星球，並繼續使用逆轉錄基因酶，可是麥可漸漸還是回想起來，於是他再度策動叛變，再度逃亡，SGA這邊派出幽靈族蜂巢式大戰艦前往攔截，可是隨後到的幽靈族蜂巢式大戰艦將SGA這艘炸燬，並接走了。
還好，謝帕德乘坐小船隱形沒被發現，後來代達羅斯號趕來，救他們回去，看來SGA命中注定得不到什麼幽靈技術。
麥可這邊還是變回幽靈了，不過會怎麼發展還不清楚。
3X03：SGA拜訪一個星球，遇到一個名人叫盧修斯，這個盧修斯有著不可思議的魅力，甚至闖入了亞特蘭提斯，然後所有人都很喜歡他，甚至願意為他去死。
當然這時候謝帕德應定要站出來的，他發現盧修斯喝某一種飲料，這個飲料似乎會放出某種費落蒙，這個費落蒙導致大家都瘋了。
謝帕德在最後關鍵的時刻綁架貝克特醫生研發解藥，最後大反擊，讓盧修斯措手不及被抓住，大家都很後悔怎麼被迷的神昏顛倒。
謝帕德不願殺他，不過卻要放他回去並告訴全村村民和他6個老婆事情的真相，讓他受苦。
3X04：謝帕德拜訪一個星球，沒想到卻被攻擊，大家都被當地居民抓走了，原來，在很久之前，他們曾經招待若楠，當時若楠是幽靈族的獵殺玩具，沒找到若楠，於是跟居民約定，只要找到若楠並抓住他，就會放了這群居民，於是這群居民就利用這個機會抓入謝帕德和他團隊。
若楠說服居民，放了SGA團隊，後來居民同意了，等到謝帕德再度回到這個星球，卻發現這個星球居民每個人都被幽靈族屠殺了（怎麼可以相信幽靈族的話！），若楠被綁回幽靈族蜂巢式大戰艦中，然後被放回他的母星並被植入晶片，繼續當幽靈族的獵殺玩具。
若楠一開始很順利殺好幾個，可是隨後人越來越多，若楠受傷了，就在危機的時刻謝帕德終於趕到協助殺了一堆幽靈，最後逃離開了這個星球。
3X05：這集複製者以人形終於出現在人馬座！
SGA發現一個星球，派出偵察機器，卻發現一群穿著古人衣服的人，這群人自稱他們就是古人，並且科技非常進步，但是問起幽靈族，卻說幽靈族不會來找他們。
首先接洽的是尼亞姆，他自稱自己的城市叫做亞蘇拉斯，議會領袖叫奧布羅斯，他們數千年前與古人理念不合所以分家了，不過話多所隱瞞，讓人覺得詭異。
這 一切的迷團後來都解開了，古人在一萬年以前與幽靈族戰爭進入末期，他們並沒發展出巨型武器，因為似乎沒效，所以他們開始研發奈米機器病毒，直接攻擊幽靈， 不過因為這個奈米機器病毒卻沒符合古人的需求，或者叛變了，總之，這群奈米機器病毒開始攻擊古人，古人最後對亞蘇拉斯進行毀滅性攻擊，卻沒全部消滅光。
後來，經過幾千年，奈米機器病毒演化成人型叫做複製者，並保留一切古人的科技，一方面他們要對亞特蘭提斯進行反擊，另一方面，他終極任務仍然沒變，那就是消滅幽靈。
尼亞姆很特別，他對升天有特別的需求，而議會首領奧布羅斯卻只想打敗幽靈族向他的父母證明他們可以些消滅幽靈族的。
複製者可以直接將手伸進人的腦中讀取記憶，跟銀河系的的機械蜘蛛複製者應該是類似技術，在這集出現之後，也是等於預告更強、更恐怖的對手出現了。
複製者的亞蘇拉斯直接飛往亞特蘭提斯，因為報復的原因，他直接飛到亞特蘭提斯想毀滅那邊，對於古人的懲罰。
尼 亞姆希望透過麥凱修改他們的程式，把暴力這個部分給拿掉，這樣大家都會跟尼亞姆一樣不會想侵略，只會想升天，後來麥凱找到一個方法可以讓複製者彼此在更新 大家資料的時候出現LAG的現像，利用這時間，這時候亞蘇拉斯還繼續飛往亞特蘭提斯，麥凱利用這個時候讓零點模組發生超載，炸掉亞蘇拉斯。
謝帕德等人跟尼亞姆一起乘坐古人飛船想回到亞特蘭提斯，沒想到這時候其他複製者還是發現了，立即覆寫尼亞姆的程式，尼亞姆被拋到外太空，他掐了威爾博士的脖子，引發下一集的故事。
總而言之，大家又死裡逃生了，不過知道這邊也有恐怖的複製者，大家心情都不好吧。
3X06：這集，威爾博士因為被尼亞姆掐脖子，所以全身都被感染奈米病毒，一開始的場景像在拍鬼片，威爾博士從醫院醒來，大家都告訴他根本沒有南極計畫，也沒有亞特蘭提斯，當然更沒有星際之門。
後來，隨者蛛絲馬跡越來越多，威爾博士開始知道這一切都是複製者的奈米病毒搞的鬼，最後當然消滅了，威爾博士差點死掉，從鬼門關裡救出來，大家也對複製者越來越感到恐怖。
3X07：SGA到某個星球被狙擊，竟然是吉耐人柯爾雅搞的鬼，最後他們抓住了謝帕德中校，其他人狼狽逃回亞特蘭提斯。
威爾博士很錯愕，因為IDC是吉耐的新總理萊登拉蒂姆，後來萊登拉蒂姆親自來解釋，原來柯爾雅覺得萊登拉蒂姆的總理地位應該是他的，他要殺了謝帕德除非SGA交出萊登拉蒂姆。
柯爾雅為恐嚇謝帕德，所以養了一隻幽靈吸謝帕德的靈魂，謝帕德越吸越老，後來跟這個被抓的幽靈達成共識，一同越獄，一同合作。
SGA堅不妥協，卻也沒辦法，只能靠萊登拉蒂姆從吉耐內部清查間諜的部分。
最後謝帕德跟這個幽靈真的逃出去了，謝帕德已經被吸到快變成白骨，不過這個幽靈因為覺得欠謝帕德，最後竟然不可思議的將靈魂注入謝帕德身上，謝帕德甚至更加年輕了。
謝帕德也承諾不殺這隻幽靈，不過他們也說了，下次見面就是敵人了。
SGA追擊，不過柯爾雅仍然逃走，沒抓到。
3X08：麥凱的妹妹一天突然心血來潮，寫出一段公式，這段公式可以從平行時空中建立橋，並且提取巨大能量，更不可思議的是，原本這樣的實驗會產生奇異點，導致宇宙毀滅，可是這個公式卻會讓奇異點出現在對方的宇宙。
於是SGC、SGA、麥凱等人嘗試說服麥凱的妹妹到亞特蘭提斯進行研究，沒想到機器運作真的提取巨大能源，不過對方的宇宙卻出現異常，原本他們考量這麼多個平行宇宙，不會那麼巧有人住，可是事實就真的發生了，那個宇宙將麥凱傳過來，說那個宇宙快爆炸了。
後來他們嘗試將機器關掉，可是橋仍然在，仍在持續危害，後來另一個宇宙的謝帕德實行一個計畫，這下子反倒讓我們這個宇宙會爆炸了。
後來，麥凱想出一個方法停掉橋的連接，另外也將麥凱送回去，不過卻耗掉了亞特蘭提斯僅剩的零點模組全部的能量，亞特蘭提斯陷入空前的危機。
麥凱的妹妹回到地球，另一個宇宙的麥凱希望麥凱珍惜自己的環境。
3X09：SGA倫納德的小隊到一個星球沒回來，謝帕德也率領小隊到這邊勘查，發現他們竟然是自相殘殺，當然他們也發現吉耐的軍隊，也是自相殘殺，甚至更古老的屍體，也是自相殘殺。
他們發現在一個山洞中，有一個機器，可以對人類產生幻覺，應該是幽靈族的某個工具。
原本他們想撤走，沒想到DHD卻被引爆了，他們只好到洞穴去研究，麥凱努力去維修，切斷電力，可是在這之前，大家飽受幻覺折磨，互相殺來殺去，不過主角當然只會受傷不會死掉，最後麥凱終於關掉這個機器，大家在互相殘殺最後一刻終於回覆理智。
3X10、3X11： 由於零點模組已經耗盡，為了能夠跟地球聯繫，所以麥凱設計了一個系統，一共串聯人馬座和銀河系共34個星際之門，將所有星際之門的撥號緩衝同時使用，並在 兩個星系中間設計一個中繼站，於是原本用超光速技術旅行要三個星期可以瞬間縮短到半小時，謝帕德首先做這個實驗，並成功了。
就在試驗過程 中，他們在中繼站附近發現了一艘古人的戰艦，他們正由0.999倍光速向地球邁進，不知道什麼原因，因為代達羅斯號採用的超光速技術根本是在子空間裡面飛 行所以速度遠快於光速，甚至可以用星際跳躍來形容，所以要追上這艘船其實很難，於是代達羅斯號只好用最快的脈衝速度趕上。
原來在一萬年前 這群古人與幽靈族的戰爭中慘敗，原本想回亞特蘭提斯，可是發現大家全面撤退，後來他們超光速設備故障，所以他們只能以最大光速來飛往地球，由於相對論的關 係，時間雖然已經過一萬年，但是他們才過12年左右，不過他們要飛到地球，也還要一百多年，換句話說根本到不了。
後來這艘古人戰艦停下來請求代達羅斯號協助，首領是女生名子叫海麗雅，是亞特蘭提斯翠雅號的艦長，於是代達羅斯號便載他們回亞特蘭提斯，並告訴一些亞特蘭提斯的狀況。
事 實上，亞特蘭提斯本來就是古人的財產，所以他們要回去本來就理所當然，於是所有SGA的成員被要求在48小時內撤離亞特蘭提斯，海麗雅信心滿滿的要地球人 回去，因為他們任為可以輕鬆守下亞特蘭提斯？？（奇怪，古人根本守不住亞特蘭提斯，為什麼一個海麗雅加上100人的戰艦就可以守的住？古人的自信未免太過 了吧！之前守不住的教訓，一點都不在意，只是馬上要趕人走！！怪不得會被全滅！）
後來，複製者來到亞特蘭提斯，原本古人自信滿滿，因為複 製者有一條基礎指令就是不能攻擊危害古人，古人自信滿滿，沒想到之後的情況就是這一百多人遭到複製者報復性全殺掉了，於是這裡只剩下歐尼爾將軍和光頭被伍 西woolsey，（這個禿頭男是STAR TREK VOYAGER的全像投影醫生，在SG系列則演五角大廈的官員，後來又負責國際SG事務IOA這個單位）。
歐尼爾傳回訊息來，希望地球這邊炸掉亞特蘭提斯，不要留下任何東西，這時候SGC的蘭提將軍召回威爾博士和謝帕德的成員，詢問意見，表面上無能無力，私底下卻偷偷開古人小船勇敢闖回亞特蘭提斯，希望救回歐尼爾和伍西woolsey，當然也希望直接能將複製者趕走。
不過由於這個行動是違法的，所以他們仍要在代達羅斯號趕到之前將整個亞特蘭提斯收復，不然還是一場空。
於 是，謝帕德先找回若楠和泰勒，然後成功闖回亞特蘭提斯，故意使用計中計去騙伍西woolsey，讓伍西woolsey被複製者讀取腦袋時，以為將C4收走 問題就解決了，事實上另一個手腳是他們在所有防護罩產生器上加裝消滅複製者的能量波，複製人想飛走並攻擊代達羅斯號，先啟動防護罩的同時，能量波攻擊複製 者，於是瞬間複製者又被消滅了。
這個武器是SG-1中Dakara神廟所遺留下來古人的終極武器，可以將任何東西還原物質狀態，經過修正，調整成複製者的頻率就可以直接讓複製者變成粉末。
另一方面，雖然謝帕德犯了錯，但是成功救回亞特蘭提斯，算是大功一件，所以歐尼爾決定一切規劃佈置比照先前。
還有一件事，不知道是古人還是複製者，總之三個零點模組竟然補了回來並且是滿的，所以根據劇情，送了兩個回地球做研究，只留一個作維持基地的能量。
古人再度出現後死掉，過程一如預期自負，明明打不過幽靈，現在連複製者都打不過，卻還是死到臨頭不知悔改。
3X12： 一群亞特蘭提斯的鯨魚群聚在亞特蘭提斯城的下方，似乎在警告什麼，一堆人開始出現幻覺和幻象，一開始他們以為鯨魚有問題，後來發現這些鯨魚在警告人類每一 萬五千年才會發射的太陽射線會打向這個星球，造成這個星球毀滅，之前由於亞特蘭提斯運用某種科技救了整個星球，可是現在只有一個零點模組，實在也沒什麼好 辦法。
在關鍵危急時刻，麥凱想出一個辦法，直接將零點模組取出，裝置在代達羅斯號，然後提高代達羅斯號的防護罩，檔在太陽前面，後來果然成功阻止這這次危機。
3X13：謝帕德小隊到達一個星球結果聽村民講有一個很厲害的保護者，後來他們去看，發現根本就是3X03的騙子盧修斯，這次他不是靠特殊費落蒙讓人屈服，而是靠古人的一個力場防護罩在這裡獲得村民歡迎。
一開始謝帕德不想管這件事，沒想到之後越鬧越大，因為吉耐人柯爾雅的出現，柯爾雅在3X07才逃走，這下子再度出現，並將謝帕德隊員都抓起來。
最後謝帕德和盧修斯聯合村民共同反抗，謝帕德最後時刻殺了柯爾雅，吉耐的流亡勢力正式消滅，以後應該比較少吉耐的消息了。
盧修斯，沒有了古人的力場防護罩，不知道還有沒有花樣。
3X14：麥凱率領科學家繼續探索亞特蘭提斯，因為上次古人回來，再加上複製者回來，所以有很多新的東西被開啟，這次麥凱意外被照射一個光後暈倒，後來大家才知道，這個光是古人研究一個項目加速生理上的DNA進化，已達到升天的目的。
於是麥凱越來越聰明，甚至寫出一大堆程式及改良一堆科技，不過隨者機器越來越解密，他們逐漸瞭解到古人為什麼放棄這個研究項目了，因為這個改良DNA的計畫不是百分百成功。
很多人腦部運作達到96％以後，就會開始放棄肉體功能，並開始轉化成光生命體型態，可是如果無法突破這個限制，那就會死掉。
麥凱一方面想讓自己升天所以練習冥想，另一方面又害怕死亡，最後他變成最聰明的幾分鐘，他突然想出方法可以逆轉這個過程，他拿自己之前的DNA做樣本，設定機器回覆成最初樣本，後來成功了，麥凱再度被救活。
之前麥凱知道一個消息，如果大家當時不去救麥凱，事實上麥凱是可以升天的，麥凱只能無奈的說，誰知到呢！
3X15：SGA 的小隊探索一個星球，竟然發現國王的照片是麥凱，首領諾拉自稱國家是葛爾達，後來大家嚇一跳，因為這個國家竟然依照一個遊戲去運作發展，這個遊戲是謝帕德 和麥凱在兩年前玩的遊戲，當時無聊在亞特蘭提斯發現一個設備，看起來像電腦遊戲間，於是兩個人開始玩，沒想到這個設備是古人用來觀察原始社會的一個工具， 就如同打電動一樣，給他們一個指令，在這個國家收到後，就會依照指令去做，當然，麥凱的國家就是一個發展科技的中古文明，而謝帕德的國家就是發展軍事強權 的國家，兩個國家打起來了。
謝帕德和麥凱必須為這件事負責，可是雙方都講不聽，不願停止仇恨，後來，謝帕德只好偽造戰爭失敗的訊息給雙方，讓雙方深刻檢討，最後兩個國家回覆友好。
雖然古人資料庫裡面還有一大堆原始民族的設備，威爾博士下了一道命令，不准再玩這個設備，讓民族自己發展。
3X16：謝帕德和他的團隊登入一個星球，這個星球全部被毀滅了，但是在離星球不遠的地方卻有一個很巨大的隕石，這個隕石裡面已經挖空，藏了很多設備，可惜這個星期的科技大約停在美國1960年代，對於太空技術仍處於比較落後的地步。
沒 想到在這邊卻陸續發現一些幽靈的科技，甚至他們發現一個大型的人類能量化儲存裝置，他們放出一個人叫做海瑞克，海瑞克原本期待老婆和孩子都能透過這個技術 生存下去，沒想到隨後放出來的老人（應該就是行政長官）卻跟海瑞克說怕透露行蹤讓幽靈知道，因為幽靈提早到了，所以這另一半的人都沒救出來。
最後海瑞克憤怒之下用激進方式自殺了，自殺後，整個大隕石空氣不斷外露，老人不斷央求希望謝帕德能夠救全部的人，可是謝帕德基於多種考量不能救那麼多人，老人一氣之下將泰勒也吸入機器中，然後老人自己也吸入。
於是這下騎虎難下，一定要將整個儲存器裡面的人全部救出才行，後來謝帕德展現高超飛行技術最後真的救了全部的人。
3X17：泰勒跟一個好朋友一同運動，沒想到他的好朋友卻突然爆炸了，事情必須回到很多小時之前，SGA一個探勘小隊探索一個古人的裝置，沒想到這兩個人卻突然變成炸彈，他們體內的組織逐漸變成腫瘤，這個腫瘤還會引發巨大爆裂，等於某種先進的生化武器。
原本威爾博士正打算在這週開始實行輪休制度，所有人員開始有真正的休假，可是卻發生這件事，然後最重要的，貝克特醫生在種種因緣巧合下，被其中一個炸彈炸死了，另外泰勒被碎片刺傷，SGA重要成員之一貝克特醫生死亡。
3X18：SGA發現一個古人的裝置，古人正打算擷取海裡面的地熱當作一個能量來源，可是不知道為什麼整個地熱基地荒廢了。
後來他們才發現，有一艘幽靈蜂巢式戰艦墜毀在旁邊的海裡面，原本裡面有眾多的幽靈和女王，不過女王為了生存下去，吃了所有的幽靈士兵，活到一萬年後的今天，於是這個女王開始在地熱基地製造許多混亂，甚至還控制泰勒的身體。
最後，女王還用炸彈威脅謝帕德，要謝帕德帶女王出去，最後謝帕德用計謀反過來騙了女王，也沒有引發女王的炸彈，最後成功解決這次危機。
3X19：在2X19中後來安置的特若南人被發現全都失蹤了，謝帕德和他的團隊進行探索，後來發現這邊的居民全都死光了，因為幽靈族人麥可在這邊做實驗，實驗出一個新的幽靈種族，這個新的種族生命力更強更暴力，最重要的是他們只聽麥可一個人的命令。
因為麥克回到幽靈族裡面，卻發現這些幽靈族根本也不相信他們，所以麥克才會想要有自己的勢力，總之，最後雙方互有死傷，謝帕德成功逃出來，但是仍然沒抓到麥可，麥可還在眾多星球製造他的生化士兵。
3X20：古人製造用來對抗的複製者開始製造古人戰艦，他們可能要朝向亞特蘭提斯或是地球進攻，於是，地球這邊建造的新戰艦阿波羅號正式開始服役，並準備對複製者的星球進行核彈轟炸。
轟炸成功的實行了，複製者正在新建的戰艦成功被炸燬，不過如同麥凱說的，這麼做不過喚醒了一頭睡獅罷了，於是複製者開始反擊了，這次複製者對準雅蘭提斯星球外面的星際之門發射一個毀滅能量光束，所幸麥凱及時開啟防護罩，暫時擋住，但是仍然不是長久的計畫。
於是麥凱想到了，如果將亞特蘭提斯沈入海底，應該可以抵銷不少能量，沈入海底之下，沒想到抵銷的能量比預期少很多，所以亞特蘭提斯仍然岌岌可危。
超過了38分鐘人工蟲洞物理極限，能量光束仍持續攻擊亞特蘭提斯，大家持續思考怎麼解決問題。
最後，麥凱想出了一個終極計畫，讓亞特蘭提斯飛走，可是這中間必須要幾分鐘將防護罩完全關掉，轉化成飛天的能量，於是一些X-302拖了一個大的小隕石，希望能擋住一些時間。
最 後在切換的時候，能量光束還是炸到一點點的亞特蘭提斯城，但是這一點點就造成很大的破壞，首先威爾博士被炸成昏迷不醒狀態，後來，在超空間旅行的狀態下突 然停下來，因為破壞造成能量管道能量洩漏，亞特蘭提斯從子空間出來，出現在一個荒漠中，許多人受傷、死亡，能量不斷流失，陷入重大危機中，第三季結束待 續。
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