4X01：劇情承接上一季內容，索請求卡特少校到他們星系幫助他們解決蜘蛛問 題，原因是因為地球人智力比較低，所以一些想法是他們和蜘蛛都不會想到的，可是往往這種作法卻可以出奇制勝絕地大反擊，於是卡特就到這邊來研究，不過連研 究都不用研究，因為地球人目前的知識水準，根本看不懂。
後來，卡特找到一個BUG，那就是機械蜘蛛會判定什麼東西是最高科技，去追逐他， 偏偏船艦在子空間行駛時是完全沒有防護罩的，因為能量全部用在飛行，是只要將最新科技這艘船摧毀，後面追逐他的就一起爆炸，這種自爆的方法對於 ASGARD來說根本想不到，當然機械蜘蛛也想不到，於是就用這種方法成功的解救ASGARD暫時不被攻擊。
另一方面，SG-1到達一艘俄國的淺水艇，因為蜘蛛已經潛入，當然，他們根本打不過蜘蛛，蜘蛛不斷繁衍，最後，歐尼爾快被蜘蛛吃掉之際，ASGARD的索飛到地球之上，將SG-1傳到太空船中，地球方面將淺水艇引爆，也暫時解決了機械蜘蛛的問題。
最後，索很高興的感謝地球對ASGARD的協助，不過他們暫時也還無法協助地球對抗高達人，因為他們的星系還有更多的機械蜘蛛要處理，不過地球跟ASGARD的感情更加深厚了。
4X02：有一天，一個文明突然接通了星際之門，這個文明正在進行內戰，所以當家的領導人希望地球方面給予物資支援，另一方面，他們願意給予地球科技的傳授，於是喬治漢莫將軍超想要這個合作提案，歐尼爾也發自內心同意，可是丹尼爾卻不是很同意。
後來歐尼爾漸漸發現，其實這個文明並不是好人，他們希望回到地面，可是卻放出毒氣想毒害地面這群人，騙他們說敵軍是無人駕駛，可是事實上敵軍卻有人駕駛等，後來歐尼爾決定不幫他們，全軍撤回地球，地球少了這次合作機會，但是不過卻繼續堅定高道德理念。
4X03：有一天tok'ra人ANISE來到地球，他們給予一個神奇的裝置，這個裝置可以將人類所有潛能激發出來，不過他對高達人或是tok'ra人無效，所以他希望帶來地球給SG-1小組試驗。
當然歐尼爾、丹尼爾、卡特都帶了，帶了之後果然變成超人，速度、力量、精神力都超過常人，於是他們決定幹一大票，就是將高達人最近正在研發的星太空船炸掉。
不過好景不長，這個機械可以刺激潛能，不過能量卻會在很短時間用盡，於是他們潛入太空船後，紛紛昏倒，最後提歐克出現救了他們，順利完成炸太空船的任務。
4X04： 來自Tu'lak的Shan'auc號稱自己和體內的高達蟲進化到一個層次，那就是共享心靈的地步，於是她希望成為tok'ra，與tok'ra的科學家 ANISE見面，提歐克跟Shan'auc本來就是舊識，所以也沒想這麼多，搞不好當有一天所有高達人都進化到這個層次時就不用再分彼此了，可惜，這一切 都是騙局，Shan'auc體內的高達蟲離開到另一個人的身體後，沒多久就殺了Shan'auc，後來，提歐克非常生氣，想再殺了這個高達蟲，可是這時候 tok'ra的科學家ANISE卻出面制止，因為這一切都在他們算計中，因為高達人想派間諜，tok'ra就故意讓他們以為成功了，然後實行反間諜計策， 故意露出錯誤消息。
提歐克雖然很生氣，但是遇到這個狀況，只好回到地球。
4X05： 高達人研發出一種技術，這個技術叫做zatarcs，簡單說就是被催眠的間諜，用這個技術可以讓某些人變成不定時炸彈，先殺人後自殺，正當地球跟 tok'ra準備建交時，其中一個SG小組成員變成zatarcs，悲劇就發生了，後來，tok'ra的ANISE帶來一個很先進的測謊儀，可以測出誰有 問題，用這個方式找出說謊的自己人，可是怎麼想都沒想到tok'ra自己就有間諜，間諜就是Martouf（Martouf是地球人的好朋友，因為之前卡 特少校曾被tok'ra寄生蟲寄生，剛好就是Martouf的老婆，所以卡特少校對他有一份情），最後，還好沒問題發生，地球與tok'ra也終於簽訂共 同防禦條約。
4X06：SG-1到達一個叫做P4X-639的星系，這個星系在過去的居民曾經感染一種病毒，後來發展出一種時光回塑的技術，希望透過這個技術可以來得及研發疫苗，可惜的是這個星球的人民最後全部消失了，只留下迷樣的機器。
一 個外星的考古學家malikai讓這個機器再度運轉，也讓丹尼爾和提歐克開始不斷循環，類似電影土撥鼠節的劇情，總之，他們不斷在10個小時的過程中持續 循環，總累積時間點大約三個月，可是地球上全部所有人都不知道，只有友邦tok'ra三個月聯絡不上，後來，當然解決了這件事。
4X07：話說在本季第一集星際之門應該隨者太空船爆掉沈入海裡，可事實上卻沒有，因為Maybourne上校被拔階後流浪到俄國，教俄國關於修星際之門的相關知識，可是為什麼SG-C會知道呢？因為不知名的原因，被俄國拿走的星際之門已經連續開了22天了。
這個星際之門後來接通到一個全部都是水的星球，一開始他們以為這裡不過都是水，可是後來才發現，這些水就是這個星球的生物，發生一場大混亂，總之，最後將星際之門關起來了，不過星際之門後來何去何從就沒講下去了。
4X08：SG 聯軍到達一個叫P3X-888的星球，他們相信這個星球是高達蟲的祖先居住的星球，因為他發現許多高達蟲的化石，他們相信高達蟲在這個星球應該演化幾百萬 年，甚至還是肉食動物，不知在什麼狀態下侵入了UNAS這個生物（UNAS這個生物在1X09里面曾經被雷神給關起來一隻，另外在3X08他成為某個星球 的邪惡統治者，這邊的UNAS是屬於原始種，所以並不具備肢體再生能力，也沒有被高達蟲寄生，SG小組相信，高達蟲入侵UNAS這個物種之後，開始侵入並 控制UNAS的腦神經系統，進一步的建立新的文明，並且畜養UNAS，等到發現星際之門後，開始捕獵人類，畜養人類成為寄主。）
總之，丹尼爾被UNAS抓走了，這邊的河邊全都是高達蟲，甚至還有兩個人被高達蟲寄生，最後，他們終於救回的丹尼爾也認識這邊的UNAS，丹尼爾也說一定會再回來。
4X09：SG- 1到一個星球與當地原住民Enkaran友好，甚至傳授一些科技給他們，沒想到這時候突然出現一艘巨大太空船，這個巨大太空船沒別的事，唯一的工作就是改 造這個星球，將原本「碳基」的星球系統改成「硫基」，後來SG-1終於和太空船的外星人接上了，這個太空船在一天之間創造一個人形的機械生物叫做 Lotan，他自稱他們的種族叫做Gad-Meer在很久之前，這個種族興盛了一萬年，後來文明毀滅，所有人民將希望建在未來，所以建造一艘太空船，並將 所有他們的生物做成基因庫，希望太空船在宇宙間航行有一天能發現適合他們生存的星球，當然這個星球就是Enkaran現在居住的星球。
Enkaran 在很久之前被高達人綁架到這個星球，後來高達人被SG團隊趕走，進一步拯救Enkaran人，沒想到現在又遇到這個問題，另一方面Gad-Meer太空船 來勢洶洶，居民根本也來不及撤走，歐尼爾想要炸掉Gad-Meer太空船，不過丹尼爾卻想用說服的方式進行溝通。
最後，丹尼爾與Lotan達成共識，因為他們意外找到Enkaran原本的母星，最後，Lotan願意承諾將這些Enkaran送回自己母星再到這邊進行改造工作。
4X10：這一集非常小說，話說SG-1四個人有一天突然醒來，都變成礦工，原來他們都被洗去記憶。
當然，提歐克幾乎立刻免疫，不過還是繞了一大圈，最後終於逃了出來，並且公佈了真相，劇情很簡單。
4X11：這一集出現一個妄想症的人叫做馬丁，原本以為他就跟大多數的外星妄想症一樣，沒想到後來證實他真的是外星人，跟他同行的一群人有4個，他們全都是逃兵，因為自己的母星球被高達人進攻，所以逃到地球，因為馬丁想回母星，所以被其他同伴下藥讓他出現幻想症。
最後，馬丁真的回到母星球，可是那邊已經完全被毀滅，比地球科技還進步的文明也被高達人毀滅，高達人實在太恐怖了。
4X12：歐尼爾和提歐克駕駛者改裝的飛行器，這個飛行器簡單的說就是第二季第一集那時所截獲的飛機改裝而成，這個飛機飛行原理非常先進，美國空軍當然不瞭解裡面原理，原來這是阿波菲斯設的陷阱，以防他的飛機被敵人掠奪走。
於是飛一飛突然就不受控制，甚至飛到土星去了。
眼看他們就要缺氧而死，最後卡特少校和丹尼爾向卡特的父親求救，千鈞一刻搶救回來，tok'ra真是人類的好朋友。
4X13： 歐尼爾有一個教授叫做喬登突然死掉了，歐尼爾前往去悼念，與他的兩個學生史蒂芬跟莎拉見面，結果意外發現兩個壺，這兩個壺裡面竟然有活者的高達蟲，後來史 蒂芬被打昏，莎拉被一隻高達蟲寄生這個高達人Osiris宣稱他是seth的兄弟（3X02這集出現的seth，他流浪在地球，而且變成宗教領袖，後來被 卡特殺死了），這隻高達蟲Osiris聽到他以前的敵人RA、Hathor（1X13在瑪雅古文明遺蹟出現的女王，後來在3X01死掉）死掉的消息感到高 興，然後就開一艘太空船走了。
原本以為會有下一集，可是很怪的是下一集根本跟這一集無關，看來這艘太空船開到那邊還會有後續劇情出現。
4X14： 提歐克回到chulak與馬卡ma'kar和Rak'nor討論反抗阿波菲斯的事情，可是沒想到Rak'nor根本是heru-ur派來的間諜 （heru-ur是阿波菲斯亦敵亦友的高達統治者，在2X01時，阿波菲斯的兩艘金字塔太空船被炸燬，於是在2X18這一集中，heru-ur就攻打阿波 菲斯的領土，將阿波菲斯擊敗，甚至搶奪阿波菲斯的老婆，不過阿波菲斯卻在3X12重新獲得sokar軍隊並且開始對chulak反攻），於是阿波菲斯和 heru-ur就變成一種很詭異的關係，提歐克被heru-ur抓走後，heru-ur想要將提歐克給阿波菲斯，這樣子當作建交的基礎，這個消息傳到 SGC時，非常震驚，於是他們不只要救提歐克，還要想辦法破壞阿波菲斯和heru-ur建交。
後來提歐克堅強的信念讓Rak'nor決定一起反抗heru-ur，可惜heru-ur沒料想到，阿波菲斯打從心里根本不想跟heru-ur建交，事實上，一面談建交，另一方面，阿波菲斯帶領了一大堆隱形金字塔太空船在後面，趁亂將heru-ur的根據地打了落花流水。
最後，SG-1和Jacob（卡特少校的父親，後來變成tok'ra人，常常幫助SG-1）開者太空船將提歐克救回來，不過另一方面的壞消息是，阿波菲斯打敗heru-ur，阿波菲斯更加強大了。
4X15： 喬治漢莫將軍有一天突然說要退伍，大家正覺得奇怪，原來，他被不明人士恐嚇了，這個不明人士就是參議員Kinsey，他後來派了Bauer將軍治理 SGC，歐尼爾非常不爽，於是他到監牢裡找到Maybourne上校（在4X07中Maybourne上校因為通連俄國、抓進聯邦監獄），歐尼爾將 Maybourne救出來，後來一起到參議員Kinsey家中，將他不法證據下載下來，叫參議員Kinsey恢復喬治漢莫將軍的地位。
另 一方面，Bauer將軍希望研發naqahdah炸彈，因為所有高達人的殖民地都有naqahdah這個元素，如果炸彈送過去，可能可以炸掉整個星球，不 過計畫搞砸了，因為星際之門關不掉，根據過去經驗，星際之門即便遇到核彈攻擊都不會毀滅，於是整個基地陷入危機，所幸星際之門極限就是38分鐘，最後終於 關掉了，才沒給地球帶來危機。
最後，喬治漢莫將軍又回到原本崗位，這件事暫時就過去了。
4X16： 轉眼之間已經十年過去了，時間來到2010年，（第四季的SG-1播放時間正是2000年，所以十年後就是2010，這一集要玩一下時間遊戲），地球人與 一個民族Aschen也建交十年了，在十年間，地球人獲得Aschen強大的武器技術打敗高達人，後來後得到Aschen的長生不老秘方、抗癌秘方，地球 人已經變成空前的富足。
詭異的是卡特少校發現自己竟然不能懷孕，更恐怖的是地球百分之90的人也都不能懷孕，原來Aschen根本不是好人，他假借技術傳授，事實上利用高科技刻意控制地球人口，不出200年，地球全人類會面臨滅亡。
於是，SG-1四個人再度合體，他們要找到一個方式穿越時空，給10年前的他們傳遞訊息，告訴他們不能到P4C-970這個地方，甚至與Aschen建交。
他們想起曾經利用太陽閃焰噴出之時使用星際之門（2X21）而回到過去，所以他們必須想出一個方法讓這個訊息回到西元2000年。
最後當然成功了，喬治漢莫將軍刪除P4C-970這個位址，時間往另一條線前進。
4X17： 在Abydos上面，丹尼爾的岳父asuff跟SG-1意外發現阿波菲斯的小孩Shifu也就是Harsesis何西斯已經變成兒童並出現在這邊（有關 Harsesis何西斯在3X20首次出現，他是阿波菲斯的小孩，被隱藏在凱波這個星球，不過這邊有外星人保護，所以阿波菲斯拿這邊沒轍），Shifu因 為擁有阿波菲斯遺傳的記憶，所以他懂得高達人的科技，於是找到Harsesis何西斯對SGC來說是一件好事，因為可以掌握更多的情報。
沒想到Harsesis何西斯竟然將丹尼爾電昏，電昏之後，丹尼爾開始作夢，夢見他發一個致命武器可以抵抗阿波菲斯，可是丹尼爾也因此驕傲起來，甚至想當地球的王。
最 後，丹尼爾醒來，發現這一切都是夢，於是他們想對Harsesis何西斯做一個測試測試他是不是真正的Harsesis何西斯，運用tok'ra的技術進 行測試，後來發現似乎沒有騙人，但是丹尼爾卻不想用這種方式得到知識了，最後tok'ra化身成外星人光的型態穿過星際之門回到他的母星。
4X18：SG- 5和丹尼爾到達一個星球，這個星球在幾百年前似乎是高達人的「鴉片館」，他會讓人出現上癮症狀，於是SG-5全部人員回到地球之後，因為得不到這個鴉片館 提供的滿足感，紛紛自殺死亡，丹尼爾和其他SG-1成員也中標了，後來他們找到一個小男孩叫做Loran勞倫，這個鴉片館不會對Loran勞倫起作用，後 來Loran勞倫坦承他殺了他的父母親，因為他的父母親沈溺在鴨片館中，越陷越嚴重，甚至飯都可以不用吃，直到有一天他關了機器，他父母親受不了自殺。
後來SG-1研究得到結果，其實這個機器可以調整強度，慢慢減弱，大概需要三個星期時間，可以完全戒斷這個機器，另外Loran勞倫也同意跟SG-1一起回到地球。
4X19： 空軍總司令Ryan想要在一顆叫M4C-862的衛星上建立永久研究之工作站，於是歐尼爾跟提歐克便到這個星球去協助防禦工作，另一方面，卡特少校遇到了 一個跟他很類似的空軍女學員，叫Jennifer Hailey，Jennifer Hailey和卡特少校一樣非常聰明，每樣功課都是第一名，不過卻孤傲與其他同學爭執，後來卡特少校將他一起帶至M4C-862這邊。
M4C-862有一個昆蟲，不知什麼原因變成具攻擊性，而且這個昆蟲很恐怖在於他可以穿越任何物體，只有通電可以暫時阻隔，可是在這邊研究的Hannilton博士卻激怒了這些昆蟲，最後SG-1落荒而逃離開這個星球。
4X20：有一天，SG-1接通的一個星球，並且派遣MALP過去，沒想到MALP卻飛起來，後來訊號斷掉，詭異的是，一個電子式的生命體就侵入到SGC總部，後來SGC關閉全部的電源，沒想到這個生命體竟然跑到電池中，後來甚至還寄生在卡特少校身體裡。
經過一番波折，這個生命體犧牲自己生命，SGC答應不再訪問這個星球，因為訪問可能又會干擾這些電子生命體。
4X21： 這一集很有趣，話說在1X18中在PX3-989的SG-1四個人都被複製成機器人，後來人類的四個SG-1回來了，但是機械的四個SG-1卻仍然留在 PX3-989里面，後來，機械的SG-1竟然也開始尋訪各個星球了，他們訪問到P3X-729這個星球，沒想到這個星球之前由SG-1訪問過，不過後來 卻被Heru-ur的兒子克羅諾斯給佔領了，（Heru-ur是阿波菲斯的死對頭，在4X14被阿波菲斯假借建交名義給殺害，Heru-ur應該都被阿波 菲斯給收編了，克羅諾斯可能是逃出來的，另外，克羅諾斯殺了提歐克的父親），總之，克羅諾斯就將機械的SG-1給俘虜了，沒想到不開搶也就算了，一開槍就 將丹尼爾爆頭發現他是一個機械人。
沒被抓的機械歐尼爾與地球聯絡上了，因為1X18的海爾蘭跑到地球去求他們救救機械SG-1，後來就發生大混戰，不知是不是巧合，機械的四個SG-1成員通通掛掉，正牌SG-1活下來了，故事就這樣草草結束，也沒交代太空船後來怎麼了。
4X22： 這集果然交代了，話說上一集SG-1搶到了克羅諾斯的太空船之後，他們開這艘太空船到tok'ra的根據地，一個叫Vorash的星球，在4X04這集中 坦尼斯身為阿波菲斯的間諜，混入了tok'ra裡面，事實上tok'ra根本知道，甚至對他進行反間諜，故意提供錯誤消息給阿波菲斯，總之，SG-1有了 這艘太空船後，可以借tok'ra來遠航到沒有星際之門的星球。
坦尼斯在這集被抓了之後，又逃了出去，並且對阿波菲斯傳送訊息，阿波菲斯 很快的就進攻到Vorash，這時候，卡特少校想出了一個計畫，那就是炸掉太陽，用什麼東西炸呢？那就是之前在2X16出現的P3W-451這個星球（在 這一集當中這個星球的星際之門被黑洞吸進去，時間、空間都出現異常現像，當時還關不掉星際之門，差一點惹出大禍，不過很詭異，星際之門用的材質很特殊、核 爆、黑洞好像都不會造成損傷），他們打算把星際之門接通P3W-451之後，丟到這個太陽系的太陽，間接引爆太陽。
沒想到這時候出然出現 高達人的中級轟炸機al-kesh，對SG-1的太空船進行攻擊，後來提歐克和歐尼爾駕駛滑翔機追擊，時間也因此耽誤，提歐克被坦尼斯給捉走了，阿波菲斯 率領更大的戰艦及一堆太空船來到，歐尼爾回到SG-1的太空船，在太陽引爆之前以超光速飛行開走，可惜還是出了狀況，因為引爆太陽導致子空間出現錯亂（在 這個星際之門系列，他們的超光速科技是根據子空間這個科幻概念所發展出來的科技，有別於STAR TREK裡面物質與反物質碰創產生區速場，是不同概念），總之，出現錯亂，所以這艘太空船被炸到4億光年外的太空，若以太空船最高速度飛行也要125年才 回的去。
這一季結束。
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