另一方面，丹尼爾博士終於找到失落的城市在那邊，原 來，之前所找到的7碼地址，事實上第7碼地球符號其實不是這個位置，地球是第8碼，中間所遺漏的一碼，位在飛馬星座這邊，換句話說，這個需要一個ZPM來 啟動連結，（ZPM在片中並沒解釋很清楚，不過大概也是跟子空間要能量，或是產生零點能源之類的說法，總之，地球有一個ZPM，是SG-1第8季歐尼爾為 了打敗阿奴比斯所找到的ZPM，雖然他能量不多，但是還是可以啟動一次8碼跨星系的撥號功能）由於只能撥號一次，對於威爾博士來說，這很可能是單程的旅 行，Stargate Atlantis SG-A正式從地球出發。
沒想到一過去之後就發現，亞特蘭提斯根本在水裡沈睡了很多年，維持這個基地的3個ZPM只剩下一個勉強可以運作，但是也不夠了，由於ZPM沒能源了，大家很緊張想說完蛋了，沒想到亞特蘭提斯最後就浮上水面罷了，讓大家緊張一場。
這 時候約翰謝帕德少校只好率領團隊啟動星門到附近的星系嘗試探索，也許可以找到ZPM，沒想到，他們剛剛認識一個民族，（領導是一個女生泰勒 艾瑪根），就遇上wraith幽靈族，幽靈族似乎是古人的實驗玩具，沒想到後來毀了古人，（他可以吸收人的靈魂當作糧食，被吸收之後會瞬間變成老人乾）後 來謝帕德少校率領人員進攻一個幽靈族的基地，救回艾瑪根，並且成功逃回亞特蘭提斯，不過，劇情說明，幽靈族大多數人都只有冬眠罷了，真正的大戰才剛剛要開 始。
上校馬歇爾 薩姆勒在這集中變成幽靈族的人乾，死掉之後，整個SG-A由謝帕德少校成為軍事長官，另外整個基地負責人是威爾博士，另外，還有一個主角就是科學家Mckay，另外謝帕德少校似乎也是古人的後代，他可以直接控制古人設備。
1X03：SGA 一群人陸續研究亞特蘭提斯這邊的相關科技，一天一個叫做津透的小朋友意外失蹤了，隨即整個基地的能源出了很大的問題，雖然亞特蘭提斯的ZPM全都耗盡了， 他們只能靠帶過去naqahdah發電機維持電力，沒想到頓時也停止運轉了，後來謎題一個一個解開，津透意外啟動了傳輸，將自己傳往城市的另一個地方，於 是SGA順利找到津透，另一方面Mckay麥凱博士發現，沒電的原因了。
古人當時可能正在研究能量生命體，所以他們捕捉了一隻能量生命 體，這個能量生命體吃能量當自己食物，津透不小心方這個怪物放出去了，於是SGA想嘗試在讓這個能量生命體回到機器中，可惜失敗，這個能量生命體擁有智 力，後來他們嘗試開啟星際之門，麥凱博士將能量生命體引至星際之門後，將naqahdah發電機丟進星際之門另一端，最後成功將怪物引走，故事結束。
1X04：SGA 和幽靈族的戰爭隨時觸發，SGA四人小組分別為謝帕德少校、麥凱博士、福特中尉、泰勒.艾瑪根四個人在探索一個星球時與幽靈族短兵交接，之後謝帕德被一隻 蟲咬了，這隻蟲似乎跟幽靈族很類似，擁有超強生命力，然後咬住完全不肯放掉，於是最後他們緊急撤離，正當他們開古人的小艇要回亞特蘭提斯，可是卻忘了收引 擎，最後小船就卡在星際之門上，由於一半進入星門，變成能量型態讀入還衝器，可是另一半還在外太空，所以這兩個同時遇到的問題又讓整個SGA大家慌張了。
最後，蟲的部分，他們只能用最不願意用的方法，將謝帕德先電擊致死，讓蟲離開謝帕德身上，然後再施以電擊急救，讓謝帕德活過來。
另一方面麥凱博士也終於修復小艇的電力，並成功收起引擎，然後順利回到亞特蘭提斯，趕在38分鐘物理極限蟲洞時間結束前。
亞特蘭提斯很奇怪的是，他城內有一個星門，連接外太空的另一個星門，然後才再出去。
1X05：SGA 每次到達一個地方，總是馬上會遇到幽靈族的攻擊，9次探索行動遇到幽靈族5次，另兩次是無人星球，於是大家開始疑神疑鬼起來，後來SGA開始懷疑是待在亞 特蘭提斯的阿索遜人搞的鬼，當然泰勒艾瑪根絕對相信她的族人不會做這種事，後來，他們在這顆星球發現陸地，於是阿索遜人想遷移到這邊以躲避嫌疑。
沒想到，阿索遜人雖然離開了，幽靈族還是馬上找到，後來SGA發現可能問題出在泰勒艾瑪根身上的項鍊，可能是某種訊號發射器，於是他們反過來利用攻擊幽靈族，甚至抓到一個幽靈族人。
1X06：SGA 探索一個星球，這個星球為控制人口及躲避幽靈族，形成了一個很詭異的習俗，那就是24歲的人要自殺，果然，他們很長一段時間都沒有幽靈族來攻擊，後來麥凱 博士發現根本這個星球的這個村落有一個很詭異的脈衝電磁地雷磁場，這個磁場讓所有電子設備都故障，也導致幽靈族不再來這邊，後來經過一番劇情，麥凱繼續讓 這個脈衝機器運作，並擴大三倍範圍，讓這邊的居民不用遵守活24歲就需自殺的習俗。
1X07：SGA拜訪一個國家，這個國家被幽靈族進攻好多次，於是他們漸漸發展出許多防衛機制，不過由於他們的科技大約在美國1950年工業發展時期，所以在細胞、生化研究還剛剛開始而已，好消息是，他們發現一個疫苗，這個疫苗可以殺死幽靈族。
透 過卡爾特貝克特醫生的協助，他們成功做出了疫苗，於是1X05那集抓到的幽靈族人就遭殃了，拿來做實驗品，實驗結果很成功，那個幽靈族人當場死掉，於是這 個國家開始大量生產疫苗並給人民注射，可是這個要並沒經過反覆的人體實驗，結果後遺症出現了，50％的人會再注射之後數天內死亡，但是另一半的人則會存 活，謝帕德少校很不能接受這樣的事實，可是沒辦法，這個國家的人受幽靈族折磨非常堅持，即使死亡都沒關係，SGA於是離開這個星球。
1X08： 泰勒艾瑪根帶SGA到一個星球準備購買糧食，因為SGA的糧食開始漸漸的不夠了，這個星球自稱為吉耐人，原本以為吉耐人是落後原始農村社會，後來才發現， 原來吉耐人也是歷經幾次幽靈族毀滅，所以全都躲進地下去，他們的科技一樣大約停在原子彈發明階段，於是麥凱博士就自願說願意幫助吉耐人製造原子彈。
原 本一切都很順利，可是謝帕德少校發現吉耐人似乎另有野心，甚至連古人的小船都想搶，於是最後一刻，吉耐人想奪取小船時，謝帕德來個計中計，另派兩艘小艇埋 伏，並且搶回一個幽靈族的電腦資料庫，（根據劇中說明，幽靈族很善於自毀技術，所以它的太空船墜落，基本上很難找到資料，不過還是有漏網之魚，所以很難 得），所以雖然跟吉耐人交惡，但是至少獲得了珍貴的幽靈族資料庫。
1X09：SGA小組到達一個星球進行探索，這個星球瀰漫在一群霧中間，根據麥凱的研究，這群霧全部都是能量，甚至直接供給星際之門，這些能量多到可以直接打開通往地球的路。
威 爾博士決定帶領主要人員回到地球並嘗試將這邊的訊息及狀況告訴地球，看看地球能不能提供更多協助，沒想到回到地球之後，喬治漢莫將軍態度卻出現異變，首先 威爾博士竟被換掉不再主持這個計劃、謝帕德則是發現已經在戰場上死掉的朋友出現在他家開party，另外麥凱竟然出現豔遇，福特中尉也調至其他單位，這一 切都充滿詭異，原來都是外星生物搞的鬼。
一開始的這些霧根本就是某種型態的生命體，而播通星際之門會死掉很多他們的族群，於是他們製造某些幻覺困住SGA，最後SGA說服這些生命體，再也不打擾他們，最後SGA安全返回亞特蘭提斯。
1X10、1X11：亞特蘭提斯城這邊的星球沒有特別高的山脈，所以颱風竟然可以籠罩很大範圍，將近整個美國這麼大，於是亞特蘭提斯一定會遭遇這個颱風，另一方面，吉耐人聽到這個消息，於是他們想趁機攻佔亞特蘭提斯。
吉 耐人首領柯爾雅策劃一個行動趁亞特蘭提斯成只剩下威爾博士、謝帕德、麥凱的時候進攻成功，整個亞特蘭提斯成瞬間變成柯爾雅跟她的部隊的，大約十多個人，威 爾博士、麥凱博士都被俘虜，只剩謝帕德沒被抓，於是謝帕德只能絕地大反攻，之後，福特中尉跟泰勒艾瑪根也回來，最後反將柯爾雅趕回它的星球。
吉耐人在這場戰爭中，死亡60多人，亞特蘭提斯這邊比較輕微，但是也顯示安全控管方面還需要加強。
另一方面，麥凱將避雷針的雷導到防護罩中，瞬間的防護罩啟動，亞特蘭提斯沒被海嘯給吃掉，不過仍有部分地方進水嚴重。
1X12：謝帕德少校和麥凱博士和另外兩個科學家開了15小時地達一個他們最近發現的古人衛星，這個衛星旁邊有一個星球，他們決定到這個星球去探索，結果發現了一艘幽靈族墜毀的補給船，可是裡面的所有糧食（人類）都被吃光，甚至他們彼此之間也互相吃，不過這都是一萬年前的事了。
沒想到有一隻幽靈竟然活到現在，並且將兩個配角科學家都吃掉了，於是謝帕德只好硬者頭皮跟幽靈族對打，幽靈族超恐怖，開槍完全不怕，甚至有超強復原能力。
最後，福特中尉也終於抵達一同將這隻怪物給打爆。
根據軍事指令謝帕德應該要等後援來才行動，這個錯應該要記在謝帕德身上！
1X13：麥凱、福特中尉及大約30個人在亞特蘭提斯城中進行研究與探勘，一方面檢視部分上次水災所造成的問題。
沒 想到確有人感染了詭異的疾病，這個疾病會讓人視網膜後方的視神經動脈爆炸，在死前會看到一堆鬼影，後來SGA馬上建立防護機制，讓疾病不要那麼快擴散，事 實上，亞特蘭提斯也有部分防堵機制，後來他們發現可能是有人不小心打破了古人存放病毒的某個瓶子，經過研究，他們發現這個病毒應該是古人的奈米機器人，不 知道為什麼，這個奈米病毒機器人沒用再對幽靈族的戰爭中，治療這個疾病的方法也很簡單，就是在近地的地方釋放一顆核彈，核彈的脈衝波會將奈米機器人失去作 用。
經過謝帕德的努力，最後終於成功，終於又度過一次危機。
1X14：SGA抵達一個星球，這個星球人民自稱普科羅修斯，他們信奉叫阿法的神，SGA差一點被幽靈族給殺掉，可是這個星球確有一個能量將幽靈的太空船炸掉，於是SGA想找看看這邊會不會有先進的文明可以協助。
於是他們認識了女祭司查雅莎爾，她宣稱他們逐人受到阿法的保佑不曾生病，後來謝帕德就邀請查雅來到亞特蘭提斯城，經過一番科學檢查，根本也找不出查雅莎爾的任何問題，或許他們真的有神吧！
不過麥凱根本不相信，甚至偷偷對她進行掃瞄偵測，後來，查雅莎爾說漏嘴，她承認自己是升天的古人，並且化成能量生命體回到自己星球去拯救幽靈族再度侵襲。
在 遠古時代，大約一萬年前，古人為躲避幽靈族攻擊，亞特蘭提斯僅剩下來的古人逃回地球，後來他們在地球又遇到瘟疫，最後只剩下極少數的人進化到另一個生命體 的層次存活下去，查雅莎爾就是升天的古人，可是升天的古人彼此制訂規則，那就是完全不能干預低層次的生命體，於是查雅莎爾干涉了，她保護了這個星球，後來 被處罰必須永永遠遠世世代代的保護這個星球的人民。
不過查雅莎爾保護僅限這個星球，於是大家都非常失望，但是至少查雅莎爾在保護這個星球，就當SGA找到一個度假勝地吧！
1X15：SGA繼續探索亞特蘭提斯城，沒想到意外找到一個冰凍的人體，威爾博士決定將這個人解凍，看看能不能得到什麼訊息，這個老女人可能已經存在一萬年之久，沒想到解凍之後，老女人自稱自己就是威爾博士。
原 來最早一次偉爾博士登入亞特蘭提斯城，亞特蘭提斯根本沒浮起來，而且沒有一到這邊電腦就開啟的設定，唯一隻有一艘時光太空船，於是威爾博士乘坐太空船時間 穿梭到一萬年前，並且告訴一個古人喬那斯，喬那斯協助修改設定，比如說SGA一抵達就會啟動電源、沒能源會浮上水面、限地球播入等功能，不過其他古人仍然 不願幫助一萬年後的人類。
最後亞特蘭提斯就便呈現在這個時空狀態了，並且時光機再度被毀滅。
威爾博士再度被冷凍，又過了一萬年到現在。
喬那斯給了五個地址，這五個地址都有ZPM，包括1X06那集，他們還有四個地方可以找尋ZPM。
每次這類時空的劇情有人形容就是爛仗，不需嚴格時空理論及限制，所以要怎麼寫都可以，這集有一點點爛仗的感覺，不過還好啦！
1X16：SGA找到一個地址，發現ZPM被這個星球給藏起來，於是SGA努力去尋找，可是這時候吉耐人再度出現，柯爾雅率領一群人偷襲SGA，最後SGA雖然成功搶回ZPM，可是又被這個星球人搶回去當寶物珍藏起來。
白努力一場。
另一方面，亞特蘭提斯城這邊發現了遠程觀測系統，發現有三艘幽靈族大戰艦正向亞特蘭提斯城進攻開過來，一艘經改裝速度的小船已經先抵達亞特蘭提斯，最後雖然這艘船自爆，但是一隻幽靈已經悄悄潛入亞特蘭提斯城，並且發送一大堆情報回三艘幽靈大戰艦了。
1X17： 剩兩週時間幽靈族就會對亞特蘭提斯進攻，事實上，沒有ZPM，武器、裝備逐漸耗盡，他們於是做最壞的打算，那就是撤離亞特蘭提斯城，躲到某個星球，後來麥 凱說可以將所有的naqahdah發電機串在一起，可以讓星際之門連線地球約1.3秒的時間，這個時間不能傳人，但是卻可以傳訊息，透過麥凱獨特壓縮編譯 程式，可以將他們的所有報告匯回，當然也可以錄一些影片，於是大家開始錄影，講述自己狀況，和一些心路歷程。
另一方面，因為幽靈族進攻在即，謝帕德少校也一同開小船去前線探聽情報，經過一番過程，他們真的看到三艘巨大的幽靈族戰艦，另外幽靈族沿路一直吃東西，所以走走停停，不過也快到了。
最後所有資料在1.3秒內傳到地球SGC，卡特上校收到了，美國終於瞭解到亞特蘭提斯城這邊的狀態。
1X18： 泰勒艾瑪根一直夢見詭異畫面，睡不著失眠了很久，後來貝克特醫生研究泰勒艾瑪根的基因，意外找出原因，原來泰勒艾瑪根根本是幽靈族的某個基因實驗品後代， 換句話說，泰勒艾瑪根身上有幽靈族的基因，所以她可以感應到幽靈族的存在，甚至泰勒艾瑪根可以連接幽靈族的神經系統，進一步竊聽某些訊息，不過這個東西是 兩面刃，泰勒艾瑪根也很可能被反控制。
另一方面，為準備撤離，所以SGA研發出一種病毒將所有資料洗掉，可是他們帶來所有的硬碟，根本也只能儲存古人7％左右的資料量，不過也真的沒辦法。
另外，他們還開始找尋撤離的基地，到時候要離開至少要一個地方可以隱居。
1X19： 幽靈族繼續向亞特蘭提斯城開來，這時候麥凱博士想要將1X12發現的這個衛星上面的武器修好，這樣就可以抵擋住幽靈族的攻擊，後來幽靈族果然打來，一個科 學家彼德一開始順利將一艘幽靈大戰艦擊毀，可是接下來衛星又故障了，整個衛星就這樣被打爆了，另外兩艘幽靈大戰艦繼續向地球進攻。
後來，謝帕德真的抓到一個幽靈族，他就是1X16中潛入的幽靈族，不過最後被殺了，泰勒艾瑪根原本想心靈控制，可惜失敗，差點反被控制，SGA仍舊沒問出任何資料，只知道幽靈族大約有60艘大戰艦，目前來三艘。
1X20：原本失望至極，已經沒有辦法了，威爾博士打算炸燬基地，這時候星際之門突然接通，來自地球的艾佛雷特上校及大約幾百人的軍隊來到亞特蘭提斯，當然他們還帶來一大堆的糧食、武器，包括數個核彈。
原 來地球這邊SGC及五角大廈知道這邊的消息，認定亞特蘭提斯城具有極高的軍事、科技、戰略價值，所以花再多資源都要將這裡守下來，另外普羅米修斯號的姊妹 船代達羅斯號也因為得到ASGARD的幫助之下，大約四天的時間就可以到達飛馬座的亞特蘭提斯城，代達羅斯號還裝設了ASGARD的防護罩，可是要四天之 後，另外，他們之所以可以來，是因為8X19、8X20這集在古代埃及這邊找到RA所留下來的零點模組，這次將先遣部隊派來，隨後代達羅斯號還會真正將這 個零點模組帶到這邊。
另外，他們還帶來一個新技術的naqahdah發電機，這個發電機比原本的發電機增加600％的能量，也應該可以發動武器平台，四天，他們所需做到的就是守下亞特蘭提斯城，等待代達羅斯號的來臨。
幽 靈大戰艦來臨，他先將一堆隕石擊向地球，將地球的核彈地雷全部炸燬，然後就直接派小船飛向亞特蘭提斯進攻，戰況激烈，許多幽靈族也潛入了亞特蘭提斯城，可 是幽靈族猛烈進攻，這時候謝帕德只能考慮用最後的辦法，那就是自殺小艇，裡面裝核彈，這樣可以炸掉幽靈大戰艦，可是核彈早已經被艾佛雷特上校浪費光了，於 是威爾博士只好厚臉皮到吉耐人的星球去要，這個行為感動吉耐人，吉耐人雖然仍然跟地球人為敵，但是這一次竟然給了一個核彈給SGA。
原本想的很美，想用座椅武器平台來遙控核彈小艇攻擊幽靈大戰艦，可惜不成功，最後一刻，謝帕德少校只能自己開小艇去撞敵人，至少解決一艘也好，這個自殺攻擊感動艾佛雷特上校，漸漸的艾佛雷特上校能體會SGA大家的心，於是謝帕德開小艇去自殺攻擊了...故事未完。
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