謝帕 德準備犧牲，可是卻收到信號，原來是代達羅斯號及時趕到，只花了兩天就抵達飛馬座這邊的亞特蘭提斯，領航的是船長史帝文卡爾威爾上校，及時將謝帕德救了出 來，一艘幽靈大戰艦炸燬，只剩一艘了，這個就夠振奮了，另一方面代達羅斯號還將零點模組帶來了，這個零點模組可以提供亞特蘭提斯城防護罩的功能，這對大家 也是一個振奮的消息。
謝帕德跟船長史帝文卡爾威爾上校決定使壞，直接將核彈傳送到幽靈族最後一艘大戰艦，直接炸燬，這時候幽靈族也決定使出敵我俱焚戰術，直接開幽靈小艇撞擊亞特蘭提斯，還好麥凱博士及時啟動零點模組，防護罩啟動檔了下來。
城內只剩下少數幽靈族，另外，幽靈族剩下幾艘中型戰艦落荒而逃，對SGA來說，這是一場大勝利。
SGA遠程探測器發現另外有12艘幽靈大戰艦繼續往亞特蘭提斯城集結，於是謝帕德決定趁勝追擊，謝帕德跟船長史帝文卡爾威爾上校決定直接追擊幽靈族，一開始很順利，沒想到炸掉一艘之後，開始受到重創，所幸及時逃走，趕快逃回亞特蘭提斯城。
福 特中尉終於被找到了，可是他跟幽靈扭打時被幽靈注射某種腺體，然後被炸彈炸開，福特在水中一個小時停止呼吸，詭異的是這個幽靈腺體卻可以讓福特變的超極強 壯，可能的原因是，幽靈族在進行獵食時，會先將獵物打敗，這時候獵物快死了，突然他在注射腺體，讓獵物瞬間變成比較強壯，活比較久，讓幽靈族可以吸收更多 能量，福特中尉醒來後一隻眼睛被成全黑，而且變成一隻怪物，後來福特中尉還逃走，看起來凶多吉少。
沒多久，11艘幽靈大戰艦抵達，雖然有防護罩，但是可能無法檔很久，馬上他們又要面臨撤退。
這時候，謝帕德再度想到，可以讓城市隱形，將小飛船的隱形器接到整個城市，讓正個城市隱形，然後製造一場大爆炸，讓幽靈族認為亞特蘭提斯已經消滅，這個奇想最後竟然成功，幽靈族以為SGA已經消滅，並沒停留很久，SGA終於順利度過這次危機。
2X02：危機暫時解除，所以SGA的高級幹部乘坐代達羅斯號展開為期18天的航行回到地球，除了度假還要做一件事那就是選派一些人手增員亞蘭提斯城，由於美國SGC及五角大廈非常重視這個亞特蘭提斯城的價值，所以分派大量資源到這邊。
沒想到回程時，卻開始出現問題，有人開始死掉，後來經過調查才知道，原來整個代達羅斯號中了病毒，這個病毒是幽靈族放的，可能在上次戰爭時不知什麼原因駭入代達羅斯號中。
一開始完全關不掉，後來經過一番努力，終於在最後關鍵時刻，在衝向某個星系的太陽之前，徹底關掉，讓病毒死去，化解危機。
2X03：SGA 探險隊意外發現一個星球可能是福特中尉躲藏的地方，所以，謝帕德立刻帶領他的隊員到這邊去搜尋，沒想到沒找到福特，謝帕德及泰勒竟被一個陌生人抓走了，他 自稱若楠德克斯，他的身份是幽靈族的追殺者，專門供幽靈追殺遊戲的玩具，後來不打不相識，很快的若楠跟謝帕德變成戰友，一同去追捕福特。
當然，貝克特醫生幫若楠取出了追蹤器。
就在差一點抓到福特的時候，幽靈族竟然還是追了過來，最後福特竟然自願被幽靈族抓走，不過將若楠帶回亞特蘭提斯城，原本想幫助若楠回到他的家鄉，可是他的家鄉完全被毀了，變成廢區，看來若楠要長住在亞特蘭提斯了。
2X04：SGA 派了三個小隊去一個星球，沒想到麥凱和一個女士兵凱德曼卻被幽靈戰機吸走了，吸走之後，所幸最後有將這艘戰機打下來，打了下來之後，他們將吸人的這個機器 取出來，並且研究看看能不能將麥凱和凱德曼救出來，由於技術不相容，最後只救出了麥凱，更詭異的是女兵凱德曼的意識竟然也在麥凱身體裡，於是大家想辦法要 將一切復原。
另一方面，謝帕德中校說服若楠要加入SGA裡面，謝帕德成功說服了威爾博士，最後若楠正式加入SGA中。
凱德曼甚至在麥凱約會的時候亂出餿主意，甚至與麥凱強奪身體控制權，麥凱的身體快承受不了兩個意識同時在身體裡，所幸最後他們使用星際之門的電源來讓這個吸人的機器正常運作，終於將兩人回覆正常。
2X05：SGA探索一個星球，沒想到遇到一大堆盜匪攻擊，最後另一群人開太空船驅趕這群匪徒，後來謝帕德跟她的隊員開太空船跟這個星球的人開到另一個大陸，他們自稱奧利撒人，科技程度比地球艘為進步一點，原來這個島嶼專門關犯人，因為沒有DHD，所以也不用怕犯人逃走。
聊天之中，謝帕德中校發現他們竟然從沒受到幽靈族的攻擊，這個現像真的很不對勁，不過不管任何科技，只要能擊敗幽靈都是好事。
一 開始，SGA還嘗試看看能不能跟他們建立有好關係，後來知道，他們是用犯人來餵飽幽靈之後，謝帕德決定離開了，不過想回去的時候，卻被這群犯人給打了下 來，於是謝帕德、泰勒、若楠、麥凱都被抓了，犯人的首領逼麥凱要修好太空船，帶他們逃離這個星球，最後，麥凱仍然沒有修好，不過幽靈族卻大舉進攻了，因為 幽靈族大量從冬眠中醒來，小島的食物根本不夠幽靈族吃，奧力撒的政府竟然亂抓無辜的人道這個小島，怪不得大家會暴動。
最後威爾博士率領團隊開另一艘小艇將謝帕德等人救出來，看來這個星球即將被幽靈族大量進攻。
2X06：SGA到達一個星球，這個星球外太空一大堆幽靈戰艦的殘骸，可是星球裡面卻也是斷垣殘壁廢區一片，大家正覺得疑惑，SGA發現了一個軍事武器基地，這個基地似乎荒廢很久，大家決定去探索。
麥 凱很快發現了這個基地並不是一般武器基地而是更加進步的「零點能源」武器（古人稱大角星計畫），原來ZPM零點模組的理論是從別的宇宙去取得真空能（根據 劇中理論，即使是真空的環境之下，他要存有這樣的空間就必須給予能量，ZPM基本上就是抽取別的平行宇宙的零點能，理論上，平行宇宙是無限的，所以零點能 也是無限，不過提取的介值有限，所以可以說ZPM基本上是一個很耐用的電池），可是這個零點武器很特殊的就是，他並不是從別的宇宙去提取能源，而是直接從 自己的宇宙去提取，於是這個能源更加強大，更加的無窮無盡。
可是他們發現基地的時候，裡面就不少死掉的屍體，死了一萬年了，後來實驗的時 候，也死掉一個科學家，威爾決定要SGA撤離這個基地，可是麥凱執意要繼續研究，因為這無窮無盡的能量，加諸在古人武器上，就算幾百艘戰艦來襲也完全不用 擔心，後來謝帕德還是違反規定跟麥凱來實驗，很可惜最後這個零點武器仍然失敗，為了怕爆炸，只能不斷發射武器減少能源，另一方面趕快逃，因為不知道什麼時 候負載過多整個星球會爆炸，最後代達羅斯號來救他們兩個，看來古人一開始也成經打敗一堆幽靈戰艦後來發生武器爆炸，整個星球隨後就被血洗了。
若楠跟泰勒到一個星球，泰勒要幫她的族人購買一些種子，若楠則是遇到仇人，他們各自完成任務後回到亞特蘭提斯城。
2X07：謝帕德和他的隊員到達一個星球，這個星球竟然有幽靈出現，不定時的吃人，於是謝帕德協助搜捕幽靈族，沒想到後來卻發現一個幽靈族的小女生愛利亞跟她的父親（人類）一起生活，原來，十年前一艘幽靈族的船墜落在這個星球，一個男的撿去扶養，變成現在這個狀況。
貝克特醫生嘗試看看能不能用逆轉基因的酶幫助這個小女生愛利亞，這時候泰勒用心靈感應發現，事實上還有另一個幽靈族人在獵殺人類，後來SGA終於將這個解決，可是小女孩根本沒成功，也變身成幽靈大怪物，謝帕德與之對抗差一點也被吸靈魂，所幸其他隊員及時趕到救了謝帕德。
他們離開了這個星球，這邊應該暫時不會有幽靈族侵擾了。
2X08：謝帕德在上一集中，受了傷，沒想到卻被逆轉基因的酶給感染，謝帕德中校開始基因異常，甚至變成一個怪物了。
根 據貝克特醫生研究，唯一解藥就是要去找到幽靈族的祖先伊瑞特斯蟲的卵，從中間抽取幹細胞，在培養出解藥，因為幽靈族可能就是從這個蜘蛛不知道什麼狀況下繁 衍出來的生物，可是SGA的隊員根本無法接近伊瑞特斯蟲，隨著時間漸漸過去，謝帕德的身體也越來越怪異，後來他們想起來，謝帕德去取這個卵應該完全不會被 排斥，所以謝帕德中校整裝出發，順利取得伊瑞特斯蟲卵。
貝克特醫生製作解藥，最後終於讓謝帕德中校的基因回覆正常。
2X09：SGA發現自亞特蘭提斯城啟動之後，一艘太空船叫做極光號開始啟動並返航，由於極光號速度緩慢，又位在天馬座邊緣，回程一定會被幽靈族發現，為避免這件事，所以SGA有必要去察看，於是商請搭乘代達羅斯號運行超光速到達這個船艦的地方進行探索。
極光號顯然也經過萬年了，裡面空氣都沒有，不過冬眠系統卻仍在運作，算一算裡面竟然有三百多人在冬眠，並且他們用網路連結彼此大腦，換句話說，這些遠古人彼此仍不斷在交流之中。
於是謝帕德也進入冬眠系統中嘗試跟這些古人交流，沒想到進去之後竟然是夢境中的極光號，所有船員都在這個夢境中，甚至他們還想升級極光號的動力系統，趕快可以趕回亞特蘭提斯城，謝帕德當然說服不成被抓起來了。
後 來麥凱發現很詭異的狀況，這艘船的冬眠系統竟然也有一個幽靈在裡面，原來這一切都是詭計，幽靈族比他們早他現這艘船，可是並沒有毀掉，因為幽靈族的超光速 系統比較落後，這也是幽靈族為什麼沒辦法向我們的銀河系進攻的原因，所以幽靈族異想天開的進入系統在夢境中獲取重要資料。
在真實世界中， 兩艘幽靈中型巡洋艦即將趕來，代達羅斯號必須快閃以免危險，最後，他們讓古人知道間諜是誰，另一方面艦長知道自己及船員復活之後根本也不可能活，他決定將 自毀密碼告訴謝帕德，謝帕德離開之後，巡洋艦趕來，極光號自爆，一併炸燬巡洋艦，看來起這些訊息似乎沒有外流出去，SGA再次勝利。
2X10、2X11：福特中尉仍然想證明酶對人體是沒問題的，所以在SGA一次任務中偷襲綁架了他們四個人，這時候福特竟然已經有了自己的小隊了，原來福特上次被幽靈族抓走之後，因為身體有注射酶，所以幽靈族的雷射槍一時之間對福特無效，福特又順利逃出幽靈族的船，並殺了一堆幽靈。
後來，福特煽動一些人，最後成立一個小隊專門對幽靈族偷襲，並摘取幽靈族人身上的囊袋，甚至抓幽靈族人，養幽靈族定期抽取身上的酶。
這 樣做雖然冒險，不過卻屢屢戰勝幽靈族，並且福特的科學家已經研究出最適當的劑量，另外他們還研究出幽靈族開始不分享彼此訊息，可能跟泰勒有關係，並且由於 甦醒的幽靈族非常大量，所以幽靈族開始出現食物分配不均的現像，看來幽靈族也開始遇到許多狀況（這一集前半段給人感覺在交代一些事情，如同SG-1一樣， 壞人出現分裂、我方這邊也出現理念不同的另一群人）
福特想證明他是對的，於是先派員偷回原本屬於SGA後來被吉耐人偷走的C4炸藥，另外他強迫麥凱修好擄獲的一艘幽靈小船，於是福特、謝帕德、泰勒、若楠及福特的手下集體準備偷襲一艘幽靈的大型蜂巢式戰艦。
可 惜出師不力，一開始就觸發警報被抓，後來幽靈族的一個女王對駕駛的謝帕德進行審問，謝帕德知道一些幽靈族內部爭鬥的消息，又知道另一艘大型蜂巢式戰艦來 臨，於是就瞎掰說他之所以得到小船並會開是另外一群幽靈族教他的，自大、狂傲的幽靈族，關掉彼此溝通的心靈感應能力，並且開始互相猜忌。
另 一方面，麥凱注射酶之後終於打敗看守的人，最後回到亞特蘭提斯，SGA總部派出代達羅斯號前往兩艘大型蜂巢式戰艦所在地救援謝帕德等人，最後謝帕德等人趁 亂飛出大型蜂巢式戰艦，並成功讓這兩艘互相攻擊，這兩艘互相攻擊最後爆炸，謝帕德等三人透過星際之門回到亞特蘭提斯，可是福特還是不見蹤影，不過謝帕德還 是說了，每次福特總是在很特殊的情況下還繼續生存。
看來幽靈族開始要因為食物的關係分裂了，還有一場大戰會出現。
2X12：謝帕德率領他的小隊進行探索，以外發現一個時間擴張的基地，這個基地應該是古人為爭取時間設置的環境，裡面的時間過得異常快速，所以古人可以在裡面沈思開發腦部讓自己升天。
謝帕德不小心闖入之後，遇到裡面的村民，這些村民不是古人，不過也快要接近升天的狀態了，謝帕德出不去的狀態下只能和村民一起居住，並對抗由村民想像出來的怪物。
這 些村民快要升天了，所以每個幾乎都有一些超能力，例如醫療、感應等能力，最後威爾博士、麥凱、若楠、泰勒一同進入這個坑洞救援謝帕德，這群村民也因此升 天，原本麥凱還想拿走這邊的ZPM，可是被制止了，這邊要永遠當作天生的冥想基地，一群人順利回到亞特蘭提斯，謝帕德在裡面六個月，外面大約數天而已。
2X13：SGC這邊得知情報，高達人已經侵入the trust核心，NID截獲情報，一旦地球跟亞特蘭提斯接通，就會有一個炸彈爆炸，於是SGC這邊透過代達羅斯號及在我們銀河系共四個點建立連線，傳遞訊息給亞特蘭提斯。
於是亞特蘭提斯一方面要研究是什麼炸彈，另一方面要找出是誰埋設炸彈，隨著劇情開展，麥凱首先解開炸彈的迷團，原來零點模組有一個安全協定，當能量達到某個上限就會停止，可是有人刻意關掉安全協定再加上密碼，一旦撥通地球就會過載爆炸，整個星球都可能毀掉。
沒 想到他們將零點模組暫時收起來，卻馬上發出求救信號給附近的兩艘大型蜂巢式戰艦，於是這下勢必要再度開啟隱形功能，又要用到零點模組，這下陷入兩難，看來 只能在時間內找出誰是真正兇手並問出密碼才可以解決這個問題，於是威爾博士開始對可疑人進行審訊，不過都沒找出什麼結果，女兵凱德曼最後研究找出關鍵，原 來真正的兇手是代達羅斯號的艦長史蒂文考爾威爾。
謝帕德將艦長傳到基地後，發現艦長根本不是間諜，他根本是被寄生的高達人，後來艦長清醒 一下之後，終於被問出密碼，在最後關鍵時刻隱形沒被發現，整個星球也沒爆炸，後來史蒂文考爾威爾艦長的問題，透過ASGARD的光傳技術，可以直接將高達 寄生蟲給傳出來，艦長的部分應該沒問題。
泰勒艾瑪根在這集為死去的高齡族人唱歌。
2X14：士兵格里分跟麥凱執行一項任務，那就是開著修復好的小船測試飛行，沒想到意外墜落海中，格里分後來也犧牲了，只剩麥凱跟壞掉的小艇繼續往下沈，後來麥凱開始出現幻覺，甚至出現他的夢中情人，SG-1的莎曼莎卡特上校。
另一方面謝帕德也出動小艇進行搜救，他們將小艇的隱形裝置減弱強化成防護罩，成功在1000英呎水面下搜尋，最後終於找到，並將麥凱救出來。
2X15：謝帕德跟他的團隊到達一個星球，這個星球由一個庇護之王所統治，幽靈族竟然完全沒騷擾這個地方，村民每年收成的一半都貢獻給這個庇護之王，後他謝帕德進去看，既然發現很熟悉的東西，這裡竟然跟亞特蘭提斯城完全一樣，只是全部都埋入地底，只剩最高的指揮塔還露出地表。
這 群生活在裡面的貴族顯然不是古人，不過確有古人基因可以驅動這個城市，這個城市已經改裝的完全像古代的歐洲城堡，謝帕德後來捲入一場王位爭奪戰，後來謝帕 德、貝克特醫生都被關起來了，而叛變的總管這時候想起動古人的武器座椅攻擊村莊，所幸麥凱博士發動整個城市飛行引擎，將最後零點模組的能量都用完，謝帕德 及貝克特逃出，並擊敗叛變的總管。
最後，謝帕德得到多艘古人小艇以及眾多導彈，雖然過程混亂，但是最後得到一些對亞特蘭提斯城有幫助的武器也不錯。
2X16：SGA 小隊在一個星球的外太空軌道上發現兩個像是救生艙的東西，打開之後發現裡面已經是一個老太太和老先生，機器首先將老太太的意識投射在威爾博士上面，她自稱 自己是菲芭絲，並且希望他的另一半索倫也一起暫時復活見最後一面，大家都被騙了，所以謝帕德只好被機器照射，讓索倫的靈魂投射在謝帕德身上，沒想到菲芭絲 和索倫根本不是夫妻，他們是兩個國家的戰爭的軍人，所謂戰到一兵一卒也要分勝負就是類似的情況。
整個亞特蘭提斯被搞的亂七八糟，兩個仇人互相殺來殺去，若楠也中彈，所幸這兩個靈魂只能活幾個小時，之後就還給本人，沒釀成什麼大災禍。
2X17：吉耐人這回又搞一個麻煩，有一天一個自稱萊登拉蒂姆的吉耐人宣稱他叛逃了吉耐，然後，他手中有ZPM，希望能夠換一些武器跟吉耐人對抗。
威爾博士及其他SGA成員聽了都很心動，畢竟過了一萬年還要能夠找到零點模組是一件不容易的事，可是礙於跟吉耐人有一個暫時的和平協定，約定好互不侵犯，所以這件事有必要謝帕德實際去調查一番。
另一方面，SGA的成員疑似被燒死在一個鄉村落後星球，後來證明是偽造的屍體，這個屍體是吉耐人，因為他們研究原子彈的技術防護卻不足，所以一堆人根本深受輻射而重病。
原 來這一切都是吉耐人的計謀，萊登拉蒂姆想製造一場真正的叛變，叛變他的領導人考文，所以利用SGA等人，事實上ZPM是一個用完的垃圾，萊登拉蒂姆最後將 考文的菁英部隊全部引到一個星球，然後放核彈，讓他們全部炸燬，原本打算連SGA都一起炸死，可是當萊登拉蒂姆知道SGA正在醫治萊登拉蒂姆的妹妹時，萊 登拉蒂姆決定一起救SGA隊員。
SGA和新的吉耐政權似乎相對友好很多，不過吉耐政權仍舊讓人討厭，科技落後，卻一直想占人便宜，一個自私的民族，SGA和他們打交道真的要小心。
2X18：一個名為麥可的中尉有一天突然醒來，可是他什麼都不記得，謝帕德等人都安撫他叫他不要想那麼多，麥可就是覺得很奇怪，但也說不出來，甚至身旁還有軍人嚴加看管他，後來他才知道，原來他自己根本是幽靈。
貝克特醫生的逆轉錄酶治療法非常有效，可是需要一個幽靈當試驗品，所以就是麥可了，隨者麥可越想起越多記憶，他決定逃亡，後來麥可綁架了泰勒，並逃到了一個有幽靈的星球，隨後SGA趕到，不過仍被麥可逃走，麥可由於沒繼續注射酶，所以漸漸變回幽靈了。
貝克特醫生的酶，還有可以加強的地方。
2X19：謝帕德和他的團隊造訪一個星球，這個星球有一個古人的軍事建築，一堆砲彈、一艘故障的古人大戰艦，統治他的總理把這當作自己的家園，一個女科學家研究並開啟了防護罩的功能，有一年的時間這個地方變的很安全。
可是由於這個地方是使用地熱發電，加上防護罩本來就不是設計經年累月開著的，所以下面的火山因為能量過份擷取開始要爆炸了。
一開始還想透過星際之門回到亞特蘭提斯，可是這個星球的星際之門因為火山爆發掉進炎漿裡，後來只能緊急出動代達羅斯號，可是仍然不夠，謝帕德只好叫麥凱再度在很緊急狀態下修理這艘古人大戰艦。
雖然只修好防護罩，但是火山爆發將這艘船炸到外太空，然後後來代達羅斯號及時趕到，SGA及隊員順利逃出來，SGA等於利用機會多了一艘大戰艦。
SGA幫這群難民再度找尋其他的星球，讓他們到那邊繼續建立國家。
另一方面，亞特蘭提斯的遠程觀測器發現一艘幽靈族蜂巢式戰艦正向亞特蘭提斯前進。
2X20：2X18的麥可及女王前往亞特蘭提斯，雖然亞特蘭提斯已經隱形，不過由於麥可說的，於是亞特蘭提斯只能被迫與幽靈溝通，看看到底他們要什麼。
麥 可威脅亞特蘭提斯必須與這艘幽靈族蜂巢式戰艦必須要與亞特蘭提斯合作，不然就要透露出SGA仍活著的訊息給其他幽靈族，再加上威爾博士有點動心了，因為麥 可希望跟亞特蘭提斯建交，只要幫助這艘幽靈族蜂巢式戰艦獲得逆轉酶技術，敵人的幽靈族就會逆轉成人類，進一步讓這艘幽靈族蜂巢式戰艦可以擴大自己勢力，大 家真的一時都心動了，決定幫助。
另一方面，麥可願意傳送幽靈族太空船所有的防護罩程式系統，這樣讓SGA這邊可以傳送炸彈攻擊幽靈，後來，甚至幽靈族還給SGA這邊幽靈族蜂巢式戰艦的結構圖。
沒想到，幽靈族獲得逆轉酶根本沒真正使用，另一方面，防護罩系統裡面有病毒，他之所以沒被發現是因為她只做兩件事，一件事上傳所有極光號獲取的資料，包括改進超光速推進系統及資料庫的所有星際之門的位址，另一件事就是刪掉自己。
最後，後悔已經來不及了，麥凱和若楠被抓走，代達羅斯號輕微受傷，兩艘幽靈族蜂巢式戰艦往我們的銀河系邁進，謝帕德失蹤。
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